病虫害对食用菌产量、质量影响较大。据统计，食用菌常见的害虫有90多种，害螨近30种，每年因虫害导致的食用菌减产量约在25%左右。使用农药控制虫害，但容易用量过度，对食品安全及环境造成威胁，因此应以采取预防为主，综合防治的绿色方法控制虫害的发生。
食用菌虫害的防治主要有物理、化学、生物3种方式，为了保证食用菌的食用安全，化学药物防治手段不便大力推广，尽量以物理、生物这两大防治方式为主。
1. 化学防治
在每次栽培前，可使用适当农药对栽培场所内原有的病虫源进行灭杀、消毒。管理期间可在外围定期喷洒广谱低毒农药，驱赶害虫，避免害虫向栽培区迁移。
2. 物理防治
2.1 源头预防
源头预防是指对虫害进行源头切断，尽量避免害虫虫源进入食用菌种植区域。首先是合理选择种植区域，应当远离人类居住区、垃圾场、养殖场、粪堆等，这样能有效降低种植区附近的害虫数量和种类；其次是建立种植区域，将接种、培养区域与食用菌出菇管理区域分离，食用菌出菇管理区应保持通风、干燥；最后每批栽培前都应对所有场所进行消毒，消灭虫源。
2.2 诱杀预防
黑光灯的灭虫原理是害虫普遍具有趋光性。黑光灯搭配洗衣粉水溶液能够有效对害虫进行杀灭，降低害虫的密度。粘虫板主要用于灭杀双翅目类害虫。针对害螨可使用饵料诱杀，及在出菇区放置一些糖醋液等饵料，对螨虫进行诱杀。防虫网是避免害虫进入栽培区的有力手段，门窗等开放处最好设置防虫网，进出菇房更换衣物并随手将防虫网关好。
3. 生物防治
生物防治措施主要是利用了生物之间的天敌性和食物链来减少害虫的数量和密度，是一种无污染、高效率的抑制方式。例如，可以将平菇套种在水稻田中，利用水稻田中的捕食性蜘蛛对平菇可能会有的蚊蝇类害虫进行防治，以保护食用菌的产量和质量。利用球抱白僵菌等菌株对害虫的幼虫和成虫造成侵害，以降低食用菌种植棚室内的害虫量。
食用菌的虫害防治工作要以预防为主。应多借助物理和生物方法，尽量减少对化学药剂的使用，避免食用菌中残留化学药剂影响消费者的健康，也避免使害虫产生抗药性，保证食用菌产量和质量的同时，保障种植户的经济收入。
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