食用菌育种的基本目标是高产、优质、抗逆性强。随着社会的发展，人们生活水平逐渐提高，人们对食用菌提出了更高的要求，对营养价值、口味、质地提出了要求，因此，也已经成为新时期食用菌育种目标之一。另外，随着科学技术的发展，以下几个方面也是当今食用菌的育种目标：一是为了使食用菌能够适应在更广泛的地方生产，需要拓宽食用菌菌丝发育和出菇的适宜温度；二是培育无孢子品种。从以前的相关研究及实践经验中可以得知，一些食用菌的孢子会使菇农产生过敏症状，甚至一些食用菌孢子会造成菇农的呼吸系统病变，患上呼吸系统疾病，而随着生产的发展，生产面积的扩大，室内袋装栽培量也随之增加，菇农受到孢子影响的几率会越来越大，因此，培育无孢子品种已经成为生产者和育种者非常关注的问题。
食用菌育种方法的研究
食用菌较常见的育种方法有单孢分离和组织分离法、杂交育种法、原生质体融合法、诱变育种法、分子育种法等。本文针对较常用的单孢分离和组织分离法、杂交育种法和诱变育种法进行阐述。
1. 单孢分离和组织分离
单孢分离就是将单个孢子分离开来，进行单独培养萌发菌丝。这种将组织分离开来培养，进一步进行出菇或者出耳试验，从中挑选出抗逆性强、质优、高产的单株，进一步扩繁的方式是目前食用菌育种中采用最多的方式。
2. 杂交育种
杂交育种是食用菌常用育种方法，是选用具有亲和性且不同遗传性状的菌株进行交配，从而产生遗传变异并能够形成新性状的新组合，进而达到育成新品种的育种方法。杂交育种虽然费时费力，同时对各项操作步骤都要求比较高，成本也较高，但是却是目前食用菌育种比较有效的方法，因此，也被人们所常用。杂交育种包括异宗结合和同宗结合，从而达到提高群体内异源性和同源性的目的。
杂交育种主要包括以下几个方面和步骤：一是选择亲本。选择具有目的遗传性状并且孢子成熟的子实体。二是弹射单孢子，将选择好的两个亲本的单孢子分别弹射到无菌滤纸上。三是培养单孢子。首先对两个亲本的单孢子进行连续稀释，然后进行培养，长成菌株后，对被污染的菌株及非单孢萌发的菌株进行淘汰。四是交配试验。将两个亲本所得到的单核菌丝进行组合配对试验，所有可能的组合都要进行，而后仔细观察交配后的反应。五是在进行交配菌株的接触区两侧分别挑取一小块包括菌丝的培养基，然后接种到其他管内，并编号培养，然后鉴定双核菌丝真伪。六是将所有产生锁状联合的杂交菌株进行扩大培养，制成原种、栽培种，通过段木栽培、瓶栽和袋栽，更进一步观察杂交菌株的各种性状，包括生产性状、抗逆性等。七是将初步筛选出的杂交菌株进行进一步的生产试验，包括区域性试验，从而更加确定杂交菌株的各种性状，预估出杂交菌株的生产价值和推广价值，对于各项性状都理想的菌株要保留，并及时进行推广。通过一系列的区域性试验和综合试验，确定杂交菌株的生产价值，淘汰不良菌株，保存理想菌株，及时推广应用。杂交育种虽费工、费时，需要较好的实验设备和工作条件，成本比较高，但仍是目前最有效的育种方法。
3. 诱变育种
诱变育种的优势是可以产生大量的变异，从而使人们可以在较大范围内选择优良的菌株。诱变方法主要分为物理诱变和化学诱变。诱变剂也有很多种，例如：X光线、紫外线、氮芥等等。
诱变育种的步骤可以概括为三步：第一步制作食用菌孢子悬浮液。制作方法：将食用菌无菌孢子放入磷酸缓冲溶液或者生理盐水中，摇匀即可，浓度一般控制在每毫升溶液含有106～109个孢子为宜；第二步诱变处理，根据食用菌品种及条件选择适宜的诱变方法即可；第三步挑选优良菌株，该步骤是最关键的一步，也是工作量比较大的一个步骤，需要高度重视。因为诱变处理后，只是扩大了变异的范围和变异量，而并不能说明所有的变异都是需要的，因此，要从大量的变异菌株挑选。将变异后的孢子进行培养，长成菌落后及时挑菌，并接入斜面试管内，每个试管只能接一个菌落，长好后再分别接入2～4瓶原种中，进一步进行栽培试验，最后进行反复仔细筛选比对，挑选出优良的菌株。
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