黑木耳段木栽培的最大缺点是不能大规模栽培，因为对树木的砍伐必须在林业部门的批复同意下进行树木的间伐，在不影响森林植被的前提下才行，否则，将对林地造成破坏性的影响，因此，如大规模生产黑木耳，不采用段木栽培。但是，黑木耳段木栽培主要是为了帮助欠发达地区山区的农户在资金不足和森林资源相对丰富的情况下，进行一些小规模的黑木耳段木栽培，一方面农户通过黑木耳段木栽培能获得一定的收益。另一方面，在林业部门的批复同意下进行树木的间伐也有利于森林生态系统的更新。

 

黑木耳代料栽培是以塑料袋为外包装，以木屑为主要原材料，经过灭菌、接种、菌丝体培养后成为成熟的菌棒摆在田间、林地、玉米行间、菜园、果园等进行出耳的技术。该项技术改变了以往段木栽培生产黑木耳的历史，使黑木耳栽培从依靠间伐树木转变为利用废弃的林木等农林副产品作栽培原料，从主要在林区栽培转变为在大田、空闲地等，丰富了黑木耳栽培的基质，拓宽了栽培区域，缩短了生产周期，有利于实现黑木耳栽培的标准化、规模化、机械化生产，极大地提升了黑木耳的产业化水平。