传统的双孢菇制种技术成本高，成功率偏低，菌丝不易长到瓶底，水分不易控制，菌种易老化2000年夏季，我们采用了牛粪、锯末堆料发酵技术进行双孢菇制种，制母种的成功率达99．9％，制原种的成功率达98．1％．制栽培种的成功率93．2％。
　　制种方法如下： 牛粪、锯末的发酵 选未变质的锯末，过筛后在阳光下暴晒2～3天。晒时要摊匀、晒透。然后贮存备用。将牛粪晒干、打碎后备用。另外，备足碳酸氢铵、磷酸二氢钾、生石灰、轻质碳酸钙等辅料。将牛粪、锯末，按体积比1：1的比例混合。同时，加入牛粪和锯末总重量0．3％的碳酸氢铵、2％的磷酸二氢钾、约2％的生石灰（生石灰的加入量，根据其质量而定，要求混合均匀后，pH值为7．5～8）、2％的轻质碳酸钙。混合均匀后加水，使水分含量达68％～70％。然后建高1米、宽1．2米，长度不限的料堆。建好堆后插入温度计。当温度上升到75℃左右时进行第一次翻堆（时间约为10 天）。每次翻堆前，给料堆表面喷少量的石灰水，在发酵过程中，若发现料堆的中下部有变黑的趋势，可用木棍适当打孔通气。一般翻堆4～5次，时间间隔为10、9、8、7天。若时间来不及，可翻堆3次。发酵完后晒干备用， 发酵过程中容易出现的问题与处理办法：
    （1）料堆不升温或升温缓慢。锯末发酵不如秸秆升温快，若发现升温较慢，可适当加入碳酸氢铵，调节碳氮比，促其升温。若温度能升到60℃以上，则不必调节。
    （2）料堆中下部变成黑褐色，有异味。这种现象是由缺氧引起的，原因是料堆堆得过大或过实，应抓紧翻堆，翻堆后打孔通气。 配制培养基 将麦粒煮透后，加入麦粒体积1／4左右的锯末发酵料，然后加人生石灰，将pH值调至7．5～8。按干麦粒的重量，加人1％～2％的轻质碳酸钙，拌匀后装瓶。锯末料必须细碎，不能有大块，防止因块内干心而导致灭菌不彻底装瓶时要将料充分混合。装瓶时瓶子要放正，不能过度倾斜。否则，装瓶后麦粒偏向一侧，锯末偏向一侧，装料后接入菌种。