灭菌是将料袋内的一切生物利用热能杀灭的一个过程。这是香菇生产的重要环节之一。目前我国各地香菇生产多采用“古田式”菌棒形式，由于袋口要扎紧密封，不适于高压灭菌，故多采用常压灭菌。常压灭菌多采用土蒸锅，土锅炉为蒸气发生器，这些灭菌方法，劳动强度大、灭菌时间长，不易透，散热快，常有死角，热效率低能耗高，在旧有香菇栽培区，一到制棒灭菌期即是“家家灭菌，户户冒烟”，大量的有害气体排放到大气中，造成严重的空气污染。选用环保低能耗生物质高压蒸汽锅炉灭菌技术，是目前较好的办法。
　　一、选用环保低能耗生物质高压蒸汽锅炉灭菌，采用滚动复合燃烧技术，其优点：①高效节能以再生生物质能源-废弃的菌棒为主要燃料，使用成本低，比燃油（气）、优质煤炭降低30-60%的运行成本；②热效率高：半气化燃烧加切线旋流式配风设计，低温分段燃烧，燃烧率达92%以上；③稳定可靠：全自动微正压运行，不发生回火和脱火现象；④低碳环保：带有脱尘脱硫装置，烟尘、硫氮排放低，符合GB13271烟尘排放的要求。同时把废菌棒用于能源也减少了环境污染；⑤操作简单：采用自动给料，操作简单，工作量小，单人值班即可。联栋双开门大容积常压灭菌室设计与建造。
　　二、联栋双开门大容积常压灭菌室设计与建造：为适应大规模集约型菌棒灭菌需要，从密封保温性、便于操作、造价低廉等因素综合设计，①主体建造 ：采用钢筋水泥砂石混凝土为主材料建造主体结构，厚度24cm，拱形顶15cm。以日产4万棒规模生产厂需建造体积为：长x宽x高=11m×3.6m×2.5m的灭菌室8栋。每室一次可放入菌棒1-1.2万。②门体设计：采用主体结构两端各有两扇门，可有效避免出入灶工作重叠影响，门体用方管钢材+双层耐热苫布 建造，价格低、轻便、耐用。使用时可密封两端。③进排气与温控系统  ：进气管从顶部中央进入室内，垂直入下至地面25cm，焊接一根纵向地面有两排微孔 的出气管道，这样热蒸汽即可直接进入灭菌室底部，进气量可通过开关阀控制。每扇门体底部留有排气开关，可及时排出冷空气、冷凝水。室内留有热敏探头，与温显器连接，掌握温度变化。
　　三、可移动式灭菌框架设计采用立体框架摆放菌棒,克服了传统直接堆放式灭菌劳动强度大，菌棒间透气性差，升温慢，热传导慢，灭菌不均匀，灭菌时间长等缺点。立体框架式灭菌：菌棒间有缝隙，透气性、透热性好，灭菌时间短，出入灶方便，可以高温作业，对下一灶菌棒灭菌基础温度高，节省能源和灭菌时间，节约劳动力，省工省时降低了生产成本。①建造规格与要求；采用热镀锌方形或圆形厚壁管材焊接成窄框：长x宽x高=2m×0.5m×2.2m，底部安装脚轮，可人工推动出入灶室，此种规格适于就地净化接种。另一种规格是宽框：长x宽x高=1.5m×1.1m×1.8m，底部留20cm短腿，可用叉车出入灶室，此种规格适于远距离运至棚室净化接种。②数量设计  框每框装菌棒350---400，一个灭菌室入30个框，放10000棒。宽框每框装菌棒670，一个灭菌室入16个框，放11000棒。