因羊肚菌营养很丰富，味道很香，特别是菌丝生长阶段发出一种特殊的香味，很多害虫都喜欢吃菌丝，目前害虫已成为羊肚菌成败及产量的关键，羊肚菌的害虫主要有跳虫、菌蚊和蛞蝓，这几种虫都喜欢吃羊肚菌的菌丝，特别是跳虫危害羊肚菌菌丝最严重，跳虫体积很小，肉眼很难看见，一般在播种后10多天都会发生，主要是由跳虫的成虫飞来产卵，繁殖的小幼虫，幼虫潜伏在土壤中专吃菌丝，数量多，繁殖快，它不怕冷、不怕热、不怕水、不怕旱，是一种很顽固的害虫，防治相当困难，给羊肚菌生产带来毁灭性的灾害，甚至可造成羊肚菌的减产和绝收。
    蛞蝓俗称鼻涕虫，系软体动物，身体裸露，无外壳。其畏光怕热，白天躲在砖、石块下面及土缝中，黄昏后陆续出来取食为害，天亮前又躲起来。
    菌蚊以幼虫期为害最大，除在培养料表面蛀食外，有的还结网罩住菇蕾，使菇体不能正常生长。