各类食用菌在制种期的病害，均有共同之处，多数是因为灭菌不彻底或没有严格执行无菌操作所造成的，病原菌污染食用菌的菌丝体，致使菌种不纯而报废。而发菌期的病害则会因为栽培方式不同有很大的差别，同一种栽培方式，尽管所栽培的食用菌品种不同，但病害种类及其发病规律仍有共同之处：如袋栽和瓶栽，发菌期以霉菌和细菌污染为主，与制种期病害相似。而椴木栽培发菌期以大型真菌的污染为主，霉菌次之。菇床栽培发菌期却以土传病害为主，培养基质带菌次之。而且发菌期发生的病害，很多种类还可延续至食用菌子实体形成期继续为害，直接侵害子实体而造成严重的经济损失。

　　其发病原因具体讲述如下：

　　①料袋或料瓶制作不当。如：用作培养料的原材料受潮发霉；培养料含水量过大；料压的过实，通风不良；料袋装的太满；袋口扎口不紧。

　　②培养基质灭菌不彻底。具体表现为：瓶壁或袋壁上出现不规则的杂菌群落。往往是由于灭菌时间或压力不够；还有的是由于灭菌时锅内菌袋排放过多或摆放不合理，致使蒸汽循环受阻而造成灭菌不彻底；或是由于高压蒸汽灭菌时冷空气没有排净，形成了假压现象等等。

　　③菌种本身带有杂菌。具体表现为：接种后菌种块上或其周围污染杂菌。有时是母种或原种带有杂菌，但杂菌已被培养的菌种覆盖，这样的菌种扩接后常常会造成一批菌种污染，其污染的杂菌种类也比较一致。

　　④接种操作中的污染。此类污染常出现在同批菌种培养料的表面，主要是由于接种室或接种箱等消毒场所消毒不彻底；或接种时无菌操作不严格，将杂菌的孢子带入试管或瓶、袋中，形成的污染。

　　⑤菌种或栽培袋发菌过程中污染。灭菌时棉塞等封口材料受潮，或环境条件不适宜，如高温高湿、通风不良等可导致封口材料受潮，引起杂菌污染；或培养基及其周围环境不卫生，杂菌基数太高，初侵染源丰富，致使本来没有污染的菌种在栽培过程中受污染，可造成大批污染。

　　⑥出菇期污染。出菇阶段管理不当，如出菇室环境不卫生或管理时喷水过大，空气相对湿度高，再加上环境通风不良、温度偏高等都是引起杂菌发生的主要原因，尤其是采完第一潮菇后，料面不清理，很容易造成杂菌污染。

　　⑦破口污染。灭菌操作或运输过程中不小心，使菌袋破裂或出现微孔；或由于鼠害等使菌袋破损而造成污染。