一、病原微生物为害
1、链孢霉：又叫红饱霉，适宜生长温度25～30℃，常发生在接种后菌袋的培养基或接种口上，有的也发生在菌袋的两端。前期菌丝白色，逐步转为浅红色，继而产生大量桔红色粉状孢子。夏天气温高，蔓延极快。链孢霉主要是抑制银耳菌丝的生长，破坏培养基营养成分，受其侵染的菌袋，出耳率降低，耳片正常伸展受影响，朵形小，产量低。
2、绿色木霉：简称绿霉，适宜在温度15～30℃和偏酸性的环境中生长，常发生在培养基内和子实体阶段。前期菌丝呈白色，逐步变成浅绿色、深绿色，受其污染的培养基变成黑色，发臭松软，直至报废。子实体被绿霉污染后，会逐步腐烂，失去商品价值。
3、白腐菌：适宜生长温度15～25℃，这种病原菌常在银耳菌丝生理成熟时，从接种口侵入，形成肿瘤状凸出物。前期菌丝白色粉状，后期呈灰白色，受其危害，培养基变黑。每年春秋发生率较高，主要腐蚀银耳原基，造成原基腐败，不能出耳。也有的侵染耳片，附着产生一层白色粉状孢子，抑制耳片生长，使其变成不透明的僵耳。
此外，还有红曲霉、毛霉、根霉、青霉等，这些霉菌都会给生产带来危害。防止霉菌为害，主要应把好“5关”：
1.培养基关。原材料使用前应经过暴晒，配制时含水量不宜超过60％，常压灭菌要求在100℃以上保持20小时。
2.接种关。严格执行无菌操作，接种时做到“三消毒”：一是空房事先消毒：二是料袋进房再次消毒：三是接种时通过酒精灯火焰消毒。
3.菌丝发育关。银耳菌丝发育最佳温度为25～28℃，不超过30℃。发菌培养基要求干燥，在冬天加温发菌时，最好用电源；接种后菌袋可用棉被围罩保温，3天后揭开通风翻袋。
4.出耳管理关。出耳阶段应注意控温、控湿、控光、增氧，创造良好的环境条件；子实体生长发育阶段适度喷水，防止过湿；尤其是幼耳阶段，喷水宜勤宜少。
5.环境卫生关。菇房内部及周围卫生要清理好，杜绝污染源。
二、虫害
螨：又叫菌虱，种类很多，常见的有蒲螨和粉螨两种。蒲螨体积很小，肉眼不易看清，多群集成团，呈现咖啡色；而粉螨体积稍大，白色发亮不成团，数量多，成粉状。这些螨类主要由棉籽壳、麦皮、菌种和苍蝇等带进菇房，或由旧菇房残留下来。螨类以吃银耳菌丝为生，被害的菌丝不能萌发。如果出耳阶段发生螨类，就会造成烂耳或耳片畸形。
螨类防治办法：
1.菇房要远离料房，四周环境要清扫干净。
2.菌袋进房前，对空房彻底消毒，可用气雾消毒盒，加清水拌成消毒液，喷洒四周。
3.发生螨虫时，可用灭扫利等广谱低毒农药，按规定用量喷洒受害处。但应注意：在子实体生长阶段，禁止使用农药。
菇蚊：又叫眼菌蚊，幼虫白色，近透明，体型小如头发丝，色白，发亮，3～5天就变成黑褐色有翅膀的菇蚊。常发生在银耳扩穴后的出耳阶段，潜入较湿部分，危害菌丝，受害后发生烂耳。
防治的办法：
1.保持好环境卫生，菇房门窗及通气口装配纱窗。
2.用黑光灯诱杀或在菇房灯光下放半脸盆0．1％的敌敌畏杀虫剂。
3.用蚊香或卫生丸粉熏烟。
线虫：呈粉红色，是一种线状的蠕虫，体型极小，体长仅有1mm左右。在菇房内繁殖很快，幼虫2～3天就发育成熟，并再生幼虫。线虫主要由培养料和水源带进菇房。在闷湿、不通风情况下大量发生，银耳受线虫危害后耳片边缘腐烂，造成烂耳。
防治办法：培养料灭菌要彻底，水源应检测，菇房事先严格消毒。喷水不宜过湿，并注意通风。若在耳芽出现时发生线虫，可用0．5％石灰水或1％食盐水，在阴凉天喷几次，并在菇房地面撒石灰粉消毒。（来源：搜狐）
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