一、及时开展排水清淤
如果洪水仍然没有退去，要尽早采取措施如疏通排水沟、利用抽水泵排除积水，防治菌袋浸泡过久，防止菇棚被泡塌；洪水退下去的，由于洪水裹挟着大量漂浮物和淤泥，水退后要及时进行淤泥和杂物清理，防止病虫害滋生。
二、认真进行场地消毒
场地清理后，用漂白粉或其他消毒剂进行喷洒消毒，杀灭杂菌害虫。然后通风除湿，降低空气湿度，待菇棚内相对干燥后再用。
三、不同菌棒分类处理
对于越夏期香菇菌棒，被冲到地上的要清理袋表，用自来水冲洗干净，掂掂感觉一下重量；如果没进水或进水很少就重新摆放到架子上；如果进水严重就需要在菌袋表面刺孔放水，并利于袋内水分蒸发；加强通风换气，降低棚内湿度。
平菇或者毛木耳菌袋一般都墙式堆叠，洪水来时往往菌袋漂浮在水面，洪水过去以后要及时清理袋表，有平菇或毛木耳的要摘除干净，然后重新上垛。菇棚彻底消毒后进行下茬菇、耳管理。进水严重的菌袋要将培养料倒出晾晒。
四、原辅材料及时晒干
原辅材料如果浸水要及时摊开晾晒，防止发热霉变。
五、设备干燥测试
各种食用菌设备受潮后容易发生漏电、短路等问题，要晒干后进行测试，保证没有隐患后能正常工作后再投入使用，以免出现安全事故。
六、加快菌种生产的措施
如果为秋季生产准备的菌种受损，应采取措施补救，以免影响秋菇生产。可采用以下方法加快菌种生产：平菇母种采用两点接种法，原种采用麦粒菌种，栽培种采用小点的菌袋两头接种。这样可缩短生长周期，满足生产需要。
七、菇棚加固与维修
及时检查棚室坚固情况，评估生产设施是否安全，确认设施坚固安全后方可进行生产活动。棚室出现裂痕的，应及时将菌棒转移到安全、坚固的棚室进行后续出菇。菇棚出现垮塌或棚膜出现损坏的，待天气条件许可，确保安全的前提下进行清理、维修加固与安装，注意施工人员安全，避免次生灾害发生。
八、加强病虫害防治
用300—500倍的二氧化氯或其他消毒剂进行消毒，杀灭杂菌；悬挂粘虫黄板或者诱虫灯杀灭害虫。
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