秋季做好各食用菌品种的菌种、菌棒制作，发菌和出菇前的管理工作，可为丰收打下坚实的基础。在食用菌种植过程中，种植者应遵循“预防为主，综合治理”的原则，采用物理防治、生物防治和农业防治技术，禁止使用任何农药。土壤和棚室消毒严禁使用违禁农药。
一、香菇
1. 栽培管理
秋季种植选择中低温型品种，一般9月份开始对菌棒进行转色（8月份菌棒制作完成），陆续移入出菇棚，控制湿度进行出菇管理，低海拔地区可推迟到10月中旬。秋菇10月中下旬第一茬出菇结束，第二茬出菇结束约在11月底，每茬出菇结束后通风晾棚1周补水。
2. 病虫害防治
秋季栽培由于温度较低，病虫害发生较少，以预防为主，出菇期间注意防治菇蚊、菇蝇、干腐病等病虫害。
二、双孢蘑菇
1. 菌种制作和培养料发酵
合理安排菌种制作。基质发酵采用一次和二次发酵法，培养料呈深棕褐色，有料香味，无氨味和其他异味，质地松软，料面有大量白色放线菌，含水量约60%，紧握成团无水滴渗出即可。
2. 播种
10月中旬到11月初培养料上架，菌种穴播或撒播，待菌丝爬满培养料表面时覆土，厚度75px左右。
3. 床面管理
播种后注意控制菌床湿度，菌丝爬土开始出现原基时，雾状喷水，增加床面湿度。注意遮阴避光，防止子实体颜色变深。
4. 适时采收
菌盖充分长大尚未开伞，菌膜未破，子实体7-8分成熟时采收。采收后及时预冷，冷链运输。
5. 病虫害防治
秋季规范制种和基质发酵，保持环境卫生，及时排杂。越冬期间菇床上基本不喷水，使覆土层处于偏干状态，注意菇房卫生，定期向地面撒石灰粉，预防病虫害发生。
三、大球盖菇
1. 播种
播种前做好培养料准备与菌种制作，整地作畦，畦面宽1-1.2m，畦高375px左右，畦间距1000px左右。基料铺满畦面后播种，一层料一层种，铺两至三层，畦面覆土后呈龟背形。一般9月中旬到10月初播种，低海拔地区可推迟到12月中旬。
2. 田间管理
播种后注意控制菌床湿度，菌丝爬土后开始出现原基时，喷水增加床面湿度，菌床表面用稻草覆盖，保温保湿、遮光，提高出菇品质。
3. 适时采收
子实体7-8分熟，菌盖开伞前及时采收、预冷，冷链运输。
4. 病虫害防治
避免连作。注意蛞蝓、蚂蚁、螨虫、干腐病等病虫害的防治。
四、羊肚菌
1. 菌种制作与播种
10月开始制作栽培种，当栽培种菌丝呈黄或棕黄色，菌种袋或瓶上部出现菌核时，可用于生产。11月初气温下降到20℃以下时开始播种。将培养好的栽培种厢面撒播或穴播，先覆土50px左右，再覆盖稻草或黑色地膜保温保湿、遮光，覆盖黑色地膜要注意通风。
2. 田间管理
播种后注意控制菌床湿度，覆土层开始形成白色“菌霜”1-2周后，开始摆放灭好菌的外源营养袋，菌丝长满外源营养袋，约40天左右营养逐渐转移至土壤中的菌丝体或菌核中后撤走，期间保持土壤含水量及空气湿度，以免菌丝干枯失水，然后转入低温保育阶段。
3. 适时采收
从出菇到采收约7天，菌盖表面的脊和凹坑明显时晴天采收。采收时去掉泥脚，及时晒干或烘干，密封保存。
4. 病虫害防治
栽培和出菇期间气温较低，病虫害发生率较少，主要防止生理性病害。
五、平菇
1. 菌棒制作
平菇可周年栽培，秋季栽培选择中低温型品种。
一般9月制作出菌棒，10月开始出菇，低海拔地区可推迟到10月中旬制作出菌棒。
2. 栽培管理
出菇棒接种后，在23℃左右的环境中进行发菌管理，菌丝长满菌袋后去掉袋口纸，浇水出菇。菇蕾形成后，注意保持空气湿度，加大温差刺激，加强通风，适当散射光照射，保证品质与产量。
3. 适时采收
菌盖边缘平展，与菌柄连接处下凹，颜色由深变浅时采收为宜。采后预冷，冷链运输。
4. 病虫害防治
注意防治菇蚊、螨虫、腐烂病等病虫害。采收后将料面死菇和残留的菇根捡净，停止喷水，加强通风，进行下一茬菇采收。
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