1. 制备母种
母种一般采用试管或培养皿进行培养。配方为土豆200g，葡萄糖20g，蛋白胨4g，酵母粉2g，KH2PO4 3g，MgSO4 1.5g，VB110mg，琼脂20g，加水1000mL。采用高压蒸汽灭菌，115℃灭菌30 min。待灭菌后冷却好，即可利用接种棒在超净工作台中进行接种。
选取无污染菌丝优良的试管菌种，用接种棒划取带培养基的小块菌种接到斜面培养基或培养皿中，放置生化培养箱中，22℃、避光培养12 d左右。待菌丝铺满试管斜面或培养基平面，打开光源，见光培养2～3 d，选取转色好、无污染的作为栽培母种，用于制备液体菌种。
2. 制备液体菌种
液体菌种具有生长点一致、接种均匀、生长迅速的优点，北虫草栽培一般采用液体菌种作为原种接种栽培料。工厂化栽培北虫草，液体菌种一般采用发酵罐培养。液体菌种的培养基配方为土豆200 g，葡萄糖20 g，蛋白胨4g，酵母粉4g，KH2PO4 1.5g，MgSO4 0.5 g，VB110 mg，加水1000 mL。
采用三角瓶培养液体菌种时，置恒温摇床，22℃，135 r/min，避光培养7d左右，待出现颗粒菌球，均匀悬浮在液体培养基中，即液体菌种培养良好。若出现颗粒少、且沉入底部、均匀度不一致，液体黏稠度低，出现恶臭或刺鼻气味都是受杂菌污染的结果。液体菌种转接栽培料前，需要先剔除污染杂菌的液体菌种，选取生长状态较好的液体菌种进行接种栽培料。
3. 制备栽培种
一般在方形或圆形的塑料盒栽培北虫草。塑料盒深度约15 cm，宽度或直径可根据需要进行定制。栽培主料一般是选取无霉变、新鲜、质量优的小麦、大米、莜麦等。配方为小麦或莜麦：水为1∶1.7（质量比），大米∶营养液为1∶1.3，其中营养液成分为豆粉75g，蛋白胨2g，KH2PO4 1.5g，MgSO4 0.5g，维生素B110mg，加水1000 mL。
将长好且无杂菌污染的液体菌种用无菌水稀释5～10倍，每个栽培盒接入稀释后的液体菌种10～20 mL（根据栽培盒的大小确定不同的接种量）。接种后盖上栽培盒盖子，转入发菌室进行菌丝培养。
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