1. 病害：目前发现的出菇期病害有枯萎病和白粉病两种，枯萎病害易发生在环境温度长时间超过22℃的高湿条件，预防方法主要是搞好环境卫生，及时清理生产废弃物，发现污染源要及时清理掉，严格控制环境温度和湿度。白粉病常因菌种、营养袋或土壤处理不当携带，发病时子囊果表面有白粉状侵染物，病菌侵染子囊果后腐烂，且传播速度较快，温度在20℃以上，3～5天会侵染整个子囊果，并具有较强的传染力。预防方法和枯萎病相同。

 

2. 虫害：北方地区羊肚菌栽培要经历一个寒冷的冬季，故此虫害较少。但如果土壤改良添加的牲畜粪便、植物秸秆发酵不完全、上一年该地块种植易生虫的植物等就会发生虫害，尤以发酵不完全的鸡粪严重。是以预防为主，土壤改良所添加的牲畜粪便、植物秸秆一定要发酵完全，生产前要问清楚该地块上年种植哪种植物等，根据情况采取必要的措施。一旦发生虫害，使用“黄板”诱杀，绝对不要使用药物。