袋栽金针菇的产量比瓶栽高，也比瓶栽经济，但由于袋栽环境难以控制，菇的质量往往不如瓶栽的好。为了提高袋栽金针菇的质量，在栽培中要注意以下几个方面。
　　(1)选用适合袋栽的品种：由于袋栽金针菇是开放式栽培，若培养室保温保湿性差，金针菇的质量就很难保证，应该选用不易开伞的优良品种进行袋栽，如杂交19号等菌株。
　　(2)把好菌丝培养管理关：塑料袋的质量和大小是不可忽视的问题。袋子口径大小要适宜，小于14厘米不利操作，过宽装料太多，灭菌难以彻底，一般选用口径14一17厘米的为宜。接种应该采取多点接种法，这样料面菌龄一致，现蕾一致，并可增加现蕾密度。
　　(3)把好出菇管理关：为了便于菇农掌握金针菇管理技术，特总结出一套“看天、看室、看菇”的三看管理方法，具体内容如下： “看天”是根据秋、冬、春季的气温变化规律来进行催蕾长菇管理。在秋末春初，可利用寒流快结束时催蕾；在回暖的温度阶段现蕾，出菇整齐，菇体健壮。此外，还应根据具体的天气情况进行相应的管理：晴燥天，出菇期应加大菇房空气相对湿度，白天不通风，晚间通风，露菇壮菇在晚间进行。盖膜、套袋必须按照顺序严格操作。闷热天，更应加强通风换气，在菇房地面和地膜上洒满水，令其自然蒸发，而不在空间喷雾，这样可防止闷湿而导致病害杂菌发生。阴雨天，可减少空间喷雾。露菇壮菇可全天进行。可以较长时间开背风窗通风。此种天气比较适合金针菇生长。寒冷天，指气温5℃以下的天气，应该升温保温，减少门窗开启，并挂严塑料布，以利增加室温。出菇期应采取增温措施，防止金针菇生长缓慢。 “看室”是根据不同培养室采取不同的管理方法。保温保湿的培养室，应利用门窗通气和喷水来调节培养室内的温、湿、气、光等，并以此为主，而以覆盖薄膜(或报纸)等措施为辅。不保温保湿的培养室，难以控制大环境条件，要以控制小环境为主。补湿盖膜催蕾时，地膜覆盖要严密些，使小环境保温保湿。 “看菇”是根据金针菇子实体生长发育的不同时期，采取不同的管理方法。另外，金针菇遇到恶劣的环境条件和不适宜生长发育的其他因素时，就会发生菇形和色泽的异常，根据菇体不正常表现，适当调整环境条件，采取相应的措施，避免不必要的损失。
　　(4)灵活掌握搔菌技术：搔菌一般在头茬菇产菇前和每茬菇采收后进行。在头茬菇前若绝大部分菌袋表层菌丝旺盛，而且伴有色素斑或水珠状分泌物，就不可搔菌；若表层菌丝失水干缩或水多自溶，只见基质、菌丝很少时，则必须搔菌。搔菌时要将老菌块或衰老的菌丝扒掉，或用扒菌钩(小刀亦可)在料面划成“井”字网格，深0．3―0．5厘米，注意不要将料袋划破。
　　(5)加强催蕾出菇管理：袋栽的催蕾时间比瓶栽长，主要是通气问题。为缩短催蕾时间，可以将袋口外翻向下降低袋口高度；也可以由上而下吹微风数次。如果第一茬菇采完后，培养袋严重缺水，就必须补水。料内补水不仅是加快现蕾的必要条件，亦是长菇增加产量的重要措施，并调节了环境的空气相对湿度。料内补水的方法，一是扎孔灌水，此法操作方便，无须搬动袋子；二是将料袋浸入水中吸足水分。水中如增加营养液，效果更为明显。室内光线不宜过强，但太黑暗则菇体不壮。通风时不宜开对流窗，否则湿度难以控制。室内二氧化碳的浓度看菇盖的大小来调节。
　　(6)翻底出菇：为提高培养料的利用率，可以采用多种出菇方式。如正面出两茬菇后，将底面调到正面出菇；亦可以两面轮换出菇，上面出菇下面养菌；亦可将栽培袋横放，两面开口同时出菇。采用哪种方式要根据实际情况灵活掌握。