随着滑子菇栽培规模的逐年扩大，病害也日益严重，已成为滑子菇栽培中非常突出的问题，因为杂菌往往发生在培养基中，比其它作物防治更为困难，防治措施不当会造成两败俱伤。同时，滑子菇是一种保健功能的菌类食品，用药时一定要选择高效、低毒和绿色环保的杀菌药剂，以防止对人体或子实体本身造成危害。因此，在病害的防治过程中，必须坚持“预防为主、综合防治”的方针，努力改善栽培环境，减少和杜绝病害发生的机会，建立以生态防治为主，化学防治为辅的综合防治体系，以确保滑子菇的高产、优质和高效。
一、 常见杂菌及其特征
1、曲霉：滑子菇栽培盘袋中最常见的杂菌。发病初期出现白色绒毛状菌丝体，扩展蔓延较快，菌落较厚，很快转为黑色或黄绿色的颗粒性粉状霉层，抑制滑子菇菌丝生长。滑子菇菌丝生长良好的将其覆盖，对出菇影响不大。
2、木霉：俗称绿霉，菌丝生长快，产生绿色的分生孢子斑即可以识别。木霉有时会造成滑子菇菌种和栽培盘袋大量报废。
3、链孢霉：也叫红色面包霉，生长快。在分枝的分生孢子上长一条长链，其上长有水红色链孢霉型的分生孢子。感染这种霉菌从菇棚里很容易闻到酒精味。
4、青霉：滑子菇生产过程中最常见的是青霉属的霉菌，危害十分严重。青霉菌丝生长不快，但很快长出绿色的分生孢子，形成一片蓝绿色粉状霉层，能明显抑制滑子菇菌丝体生长，后期还侵害滑子菇子实体变为寄生性病害。
5、毛霉：俗称长毛霉，菌丝稀疏，生长迅速，表面形成很厚的白色棉絮状菌丝团，随着生长，逐渐出现细小黑色的球状分生孢子囊，几乎在任何潮湿的有机物上，包括滑子菇菌种和栽培盘袋培养料上都是很普通。
二、 杂菌污染的原因
1、培养基灭菌不彻底 由于灭菌时间或压力不够，灭菌时装量过多、过紧不透气或摆放不合理，高压灭菌时没放尽冷气造成的。
2、蒸料和接种不同步 有的菇农先集中蒸料，数天后集中接种，这样造成污染机会多。
3、接种时间过晚 到4月中下旬或拖到5月份才开始接种为时已晚，因天气已转暖易感染杂菌。
4、菌种带杂菌 主要表现在菌种块上或周围污染杂菌，此类污染往往成批出现且污染的杂菌比较一致。
5、接种操作造成污染 此类污染常分散发生在培养基表面，主要是由于接种场所消毒不彻底或接种时无菌操作不严格造成的。
6、破口污染 灭菌操作或运输过程中不小心，使容器破裂或出现微孔，或由于鼠害等使菌盘、袋破损造成污染。
7、培养基混入松树锯沫 因松树木屑含有杀菌物质，可抑制滑子菇菌丝生长，菌丝不吃料，致使后期杂菌大量发生。
8、菌种老化 最适合的菌龄是从接种开始4050天的菌种。已老化的菌种，菌丝体已成熟，菌丝生长慢，后期易感染杂菌。
9、培养基水分过大 滑子菇培养料湿度不宜超过65%，水分过大菌丝生长慢。
10、菇棚湿度过大 发菌室室内相对湿度不宜超过70%，即宜干不宜湿。
11、阳光直射菌盘袋 菌丝培养阶段如有阳光直射，菌丝生长会受到抑制。
12、通风有死角 菌丝生长需要氧气，发菌期通风良好，可使菌丝迅速生长，提前长满培养基。
三、 综合防治措施
为确保滑子菇正常生长发育，达到优质高产的目的，应坚持“预防为主、综合防治”的方针。保持接种场所、工具和接种人员的清洁卫生，以防传递感染。
1、选场地 选择地势较高、通风良好、水源清洁、远离畜禽舍等污染源的场所作栽培场地。
2、把好培养基和栽培盘袋的制作关 选择新鲜、干燥、无霉变的培养料，拌料要均匀，当天配料当天分装灭菌。
3、培养基灭菌要彻底 保证灭菌的压力和时间，装量不宜太多，高压灭菌时排放冷空气要完全。
4、严格检查菌种质量，适当加大菌种量 选用无病害、生活力强、抗逆性强的优良品种。
5、接种场所消毒要彻底，接种要严格无菌操作 灭完菌的培养基盘、袋直接进入洁净的冷却室或接种室，接种动作要迅速准确，防止杂菌侵染。
6、搞好培养室和出菇场所的环境卫生，改善滑子菇生长发育的环境条件 培养室和出菇棚先要严格消毒，培养过程中要加强通风换气，严防高温高湿。
7、定期检查，发现污染及时处理 污染的栽培盘袋要立即销毁，或远离出菇场所50米以外处理，切忌到处乱扔或未经处理就脱袋摊晒，这样会造成环境污染，对生产场所不利。
8、科学用药 经常检查，发现霉菌污染的要及时处理，以免蔓延。霉菌点片发生时，向患处注射高效绿霉净或注射1%克霉灵，即可杀灭杂菌，又不会影响菌丝生长，污染较重呈局部片状时，可先挖出霉菌，并在患处喷洒5%石灰水，污染严重的要及时清理并挖坑深埋。