菌种是香菇遗传和育种研究最直接的表现形式和最终结果。多年来在几代人的努力下，香菇菌种在我国香菇生产的大发展中发挥了巨大的作用，但菌种中存在的问题已成为影响和决定我国香菇生产能否持续、健康、稳定发展的一个重要因素。

　　当前我国香菇菌种中主要存在三个问题，即菌种混乱、菌种退化和菌种选育滞后。

　　目前由于缺少科学可靠的菌种鉴定手段及技术，我国香菇生产中菌种混乱的局面日趋严重，同种异名，异种同名现象普遍存在，极大的损害了育种者和广大菇农的利益，也加速了我国香菇生产菌种退化的速度。随着我国香菇生产的迅猛发展，很多优良香菇菌种的使用周期越来越短，70年代推出的新菌种，一般可以使用10至15年左右，而现在的新菌种3至5年便出现退化，其中菌种供应和使用上的混乱是一个直接的原因。在香菇产地经常出现因菌种问题的纠纷，这些现象引起了育种工作者的极大注意和重视。因此除建议国家制定有关食用菌法规外还应建立科学可靠的菌种鉴定体系，也是在技术上必不可少，且需要急需解决的一个重要问题。