食用菌菌丝繁殖快，易变异，菌种保存难度较大。现介绍4种效果较好且简单易行的方法。
　　一、液体石蜡保存法  将液体石蜡高压灭菌后，放入恒温箱中数小时，或放在干燥器中数天，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右。塞上棉塞，用蜡封好，直立保藏在低温处，可保存5年。
　　二、麸皮保存法  称取一定量的麸皮，加水或营养液后拌匀即可使用。将湿麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放在室温下进行干燥。干燥后放在20℃以下干燥处保存，可保存3～5年。
　　三、生理盐水保存法  将菌种接入马铃薯培养液中，用250毫升的三角瓶装60毫升培养液，振动培养或每天摇动5～10次，培养5～7天，然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管移入4～5个菌丝球，塞上棉蛋，用蜡封好管口。置低温下，可保存1年。
　　四、麦粒保存法  取优质小麦，淘洗后在20℃水中浸泡5小时，稍加晾干，装管。装入量以管长的1／4～1／3为宜。灭菌，趁热摇散，冷却后接入菌丝体。适温培养，至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止培养。然后，将其置于25℃以下干燥处，可保存1～2年。