光秃无刺猴头菇发生原因：
这类畸形主要是温度偏高，湿度偏低，常在25℃温度条件下子实体蒸发量过大，而湿度又没及时跟上，造成不长刺毛而形成光秃菇。
光秃无刺猴头菇预防方法：注意控温保湿。当气温超过25℃时，野外菇床栽培的应早、晚揭开盖膜通风，白天把两头盖膜打开，使其透气;畦沟灌水降低地温，空间喷洒雾化水增加湿度，保持在90%以上，并加厚阴棚遮盖，减少阳光透进，减轻水分蒸发。
珊瑚丛集形的猴头菇形成原因：
珊瑚丛集的菇体基部多次分枝丛集，形似珊瑚，可明显看到有一条似根状菌索与培养基相连。这种子实体有的在出菇期就死亡，有的能继续生长发育。小枝顶端不断膨胀，形成多个猴头菇状态的小子实体。
形成这类菇主要是二氧化碳浓度过大，刺激菌柄不断分化，抑制中心部位的发育，致使形成不规则的珊瑚状;也有的因为培养料中含有芳香化合物或其他杀菌物质，使菌丝生长发育中受到抑制或异常刺激;有的栽培者片面强调保温、保湿，忽视通风换气，在这种饱和的湿度和静止空气条件下，迫使子实体向异常发展。
珊瑚丛集形的猴头菇预防方法：
1、加强菇场通风换气，排除畸形幼菇的发生，特别是室内栽培，要倍加注意通风，改善环境条件。
2、 选择培养料时，要注意剔除杉、松、樟、杨、槐等含杀菌效果的树木。
3、 已形成珊瑚状的子实体，在幼小时立即将它连同表面培养料一起刮掉，然后再行培养，正常出菇。
菇色异常的猴头菇形成原因：
一般为菇体色泽发黄，菌刺短而粗，有的子实体变成红色或幼菇开始到成熟均呈粉红色，菇体味带苦。
形成这类菇的主要因素是温度偏低，常因秋、冬季栽培，气温突降，子实体发育生长阶段低于10℃，菇体发红，并随着气温下降而颜色加深。室内栽培通风时，子实体受到直流风刺激，菇体萎黄。
对色变的菇应区别病因，对症处理。因低温引起的，则在安排接种时就要考虑到接种后25天左右，当地气温以不低14℃为妥，以此为界，向前推算最佳接种期，即可避开低温所害。
菇色异常的猴头菇预防方法：
野外畦栽可把盖膜密封，中午气温高时通风，并把遮盖物拉稀，引光增温;室内栽培的避免通风时风直吹菇体，或在靠近窗户的菇袋上盖上湿纱布。
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