基本原则
有机食用菌是在条件适宜的生态环境中，选用抗逆性较强的菌种，采用无污染的原辅材料和水，在生产过程中不得使用化学合成的农药、肥料及生长调节剂，加工过程中不使用合成保鲜剂等而生产的食用菌及相关产品。
菌种
菌种的管理应符合中华人民共和国农业部颁发的《全国食用菌菌种暂行管理办法》的要求，菌种培养基中，不允许使用化学合成的杀虫剂、杀菌剂、肥料及生长调节剂。
菌种应注明来源、品种清楚，并经认证机构认可。
菌种应具有较好的生长性和较强的抗逆性。
环境
地栽食用菌的土壤，在采集前3年内，未使用过生产有机食品禁止使用的物质并符合NY/T391中4.5的要求。
拌料、菇床喷洒、环境加湿或清洗栽培用的各种材料、器具，必须用清洁的井水、河水、湖水或自来水，并应符合GB5749中的2.1、2.2、2.3、3.2.5及4的要求。
生产场所
食用菌的生产区与周围地区应具有明确的缓冲区和边界（不少于50米），以避免常规农业生产区的影响。
有机生产区内的不同生产功能应合理布局，并标注清楚。
生产用原辅材料
栽培食用菌的主要原辅材料为：木屑、动物粪便、棉籽壳、各种秸秆、玉米芯、豆饼粉、麸皮、米糠等，有些还需要覆土。征得认证机构的同意，允许使用不超过20%的不带有化学合成农药、化肥、重金属、原微生物、虫害等有害物质的非有机物质（覆盖材料和添加水分除外）。
木屑由适宜食用菌生长树种的枝干，砍伐后不经化学处理，粉碎而成。对于树木的利用，应以不影响其生长和环境的可持续发展为原则。
畜禽粪便
应来源于以天然饲料或有机饲料喂养、以散养的方式养殖的动物，并明确其种类。
棉籽壳、各种秸秆等农作物废弃物应来源于按有机方式生产的农作物。
覆土一般为天然的、未经化学处理的泥炭土、草炭土及其一些天然的、具有良好的透气性和持水性的物质，如藻类等。也可单独或混合使用符合有机生产要求的农田土壤。
转换期
食用菌被称作有机产品前，一定要保证在其生产区域最短12个月内未使用过禁用物质。在转换期内，如果没有生产用原辅材料，所使用的替代品需要得到认证机构的认可。
生产管理
原料仓库应与拌料、制包、灭菌、冷却、接种区保持一定距离，接种室和培养室要与栽培地隔离，并保持好周围环境干燥、通风，防鼠，防虫。
接种工具、接种箱、接种室、培养室、床架和栽培房等在使用前均要进行消毒处理，避免菌包被杂菌污染或发生病虫害。
在非栽培期或非栽培区，允许限量使用乙醇、次氯酸钙、次氯酸钠、石灰、石灰水、氯化钠、甲醛、高锰酸钾等消毒剂，在菌种培养和出菇期间，严禁喷洒任何化学药剂。
利用食用菌与杂菌、害虫对营养、温度、湿度、氧气、光线、酸碱度等生态条件的差异，创造适宜食用菌生长的条件，以减少病虫害发生的几率。
野生食用菌
在未受污染的天然地区、林业区自然生长的野生食用菌，可以被认为是按有机方法生产的。
对野生食用菌的采集区，应有明确的限定，必须保证采集活动不对环境造成破坏，并能维持野生食用菌的持续生产。
收获和后处理
及时采收、包装、适温保藏。
最大限度地保证在收获、贮存和运输过程中产品的新鲜度和营养成分。
对食用菌废料进行合理的无害化处理。如：堆置发酵或作为有机肥的原料出售。
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