一般来讲，菌棒的处理途径有三条：
一是利用菌棒废渣木质含量高的特点，通过秸秆的气化作用产生清洁能源可燃性C0气体，解决农民做饭、取暖、用气问题。
二是充分发挥菌棒培养基可以满足不同菌种栽培的要求，实现菌棒的反复多次使用。
三是加工后作为城市屋顶绿化用的草皮底土。
从生产源头来看，菌棒的原料主要是棉籽皮、稻壳、木屑、秸秆等废弃物，不仅成本低廉，技术相对简单，而且便于推广。从生产过程来看，根据不同菇种对培养基营养要求的不同，实现菌棒的季节性多级利用。生产过程中所剩的菌棒废渣和秸秆废弃物通过秸秆气化的手段，由生物能转化成化学能，从而有效解决农村的生活能源问题。（来源：农学小助手）
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