黑木耳代料栽培时，栽培袋必须通过蒸锅灭菌这一关， 料袋能否达到熟化和灭菌彻底直接关系到菌种成品率的高低，及菌种制作的成败。因此，料袋蒸锅灭菌这一关必须认真并正确操作完成。
首先在蒸锅最上方必须安装两块双金属万向折射温度表（150℃）测温探头分别60cm和1米长，在安装一块压力表（0.06兆帕），确保能检测到蒸仓内是否有死角或冷空气是否排尽。蒸锅内加足所需清水，待料袋全部装锅后，封严锅门，打开蒸锅上方的排气阀并用急火加热（配带1.1千瓦的引风机），应在较短的时间（2~3小时）内使蒸锅内部温度达到100℃（如长时间达不到所需温度，易使整锅料袋酸败变质，造成经济损失）。当蒸锅加温至排气阀往外排放直气时（98℃以上），关闭排气阀，再打开蒸仓底部排气阀开始排气，待温度达到100℃时并关闭排气阀。最后打开蒸仓上方的排气阀，此时观察两个温度表和一个压力表，当压力表达到0.01兆帕（温度100℃，压力是0.01兆帕，104℃，压力是0.0,5兆帕），两个温度表达到100℃时证明蒸仓内冷空气已全部排尽，如两个温度表达到温度了，而压力表还未达到该压力时，证明仓内冷空气还未排尽，应继续排气，使之达到压力时在关闭排气阀。此后禁止排气，保持蒸仓内温度达到100℃，开始计算灭菌时间，一般每锅装规格16cm×36cm的料袋2500袋以下的需100℃保温灭菌8小时；3500袋需保温灭菌9小时；4000~5000袋需保温灭菌10小时，6000~10000袋需保温灭菌12~14小时，之后停火并继续焖锅4~6小时即可达到灭菌目的。