1. 树立综合防治的“大防治”观念
食用菌病害的发生、发展甚至流行，都有其一定的规律。表面上看病害仅在某一生产环节出现，但是病害的发生是有一定条件的。如果某项条件不能满足，则病害的发生就可能减轻、降低甚至无法发生，或者即将发生也不能造成危害。因此，防病应从源头抓起，并至生产结束为止，中间任何环节都不能放松，杜绝病害发生的条件。
2. 选用优良的脱毒菌种
选用优良的脱毒菌种是确保菌丝健壮，提高菌丝抗性最有效的措施，脱毒菌种有两大优势：
①自身不携带任何病毒病菌；
②对外界环境条件适应，在逐渐的生长发育过程中提高抗病性，抗病性强。
3. 菇棚及环境严格消毒
菇棚消毒是消灭残存病毒、病菌的主要手段。首先，菇农要清理菇棚周边环境，要打扫干净，并多次喷洒500倍液的多菌灵类杀菌剂。其次，对老菇棚要清理地面残留菌物，然后对墙体、边角、通风孔、地面等进行彻底喷洒消毒，最后关闭门窗进行熏蒸消毒。
4. 对覆土材料进行有效处理
对覆土材料进行有效处理是防止带病进棚的重要环节。覆土宜采用暴晒、药物、堆闷等结合的方法。造好覆土后，先在硬化的地面暴晒，随时翻动，覆土粒保持在0.5厘米以下的粒度，然后用100倍液食用菌祛病王溶液边喷边翻动，反复2次，最后覆膜堆闷备用。
5. 基料处理要严格
基料是确保不带病进棚的关键环节，该阶段包括干料的暴晒、拌料堆放和发酵规范化装袋、培养发菌等重要的过程，要搞好环境及配料的灭菌。
6. 菇棚内经常喷洒杀菌剂
喷洒杀菌剂是出菇过程中的主要预防手段，自菌袋或基料进棚后，应经常喷洒消毒药物，经常通风检查，及时处理杂菌感染，以达预防病害的目的。
7. 将病害消灭在菇芽之中
初发之时，是防治病害大量繁殖到成危害的主要时期，初发之时应进行彻底处理，对发病处理过的病区要用生石灰消毒液进行消毒，人行道也要撒生石灰消毒液，以防脚底带菌。
8. 有效防治和杀灭害虫
在食用菌生产过程中，害虫是一大危害。害虫会携带大量病菌，一旦进棚，即可形成病源，到处传播。因此，不可忽视对虫害的控制和杀灭。主要措施有清理外部环境，喷施药物于配料环境上，用熏蒸法熏杀螨虫等。发现虫害后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。
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