食用菌杂交育种主要包括以下几个方面和步骤：
一是选择亲本。选择具有目的遗传性状并且孢子成熟的子实体。
二是弹射单孢子，将选择好的两个亲本的单孢子分别弹射到无菌滤纸上。
三是培养单孢子。首先对两个亲本的单孢子进行连续稀释，然后进行培养，长成菌株后，对被污染的菌株及非单孢萌发的菌株进行淘汰。
四是交配试验。将两个亲本所得到的单核菌丝进行组合配对试验，所有可能的组合都要进行，而后仔细观察交配后的反应。
五是在进行交配菌株的接触区两侧分别挑取一小块包括菌丝的培养基，然后接种到其他管内，并编号培养，然后鉴定双核菌丝真伪。
六是将所有产生锁状联合的杂交菌株进行扩大培养，制成原种、栽培种，通过段木栽培、瓶栽和袋栽，更进一步观察杂交菌株的各种性状，包括生产性状、抗逆性等。
七是将初步筛选出的杂交菌株进行进一步的生产试验，包括区域性试验，从而更加确定杂交菌株的各种性状，预估出杂交菌株的生产价值和推广价值，对于各项性状都理想的菌株要保留，并及时进行推广。通过一系列的区域性试验和综合试验，确定杂交菌株的生产价值，淘汰不良菌株，保存理想菌株，及时推广应用。杂交育种虽费工、费时，需要较好的实验设备和工作条件，成本比较高，但仍是目前最有效的育种方法。
食用菌诱变育种的优势是可以产生大量的变异，从而使人们可以在较大范围内选择优良的菌株。诱变方法主要分为物理诱变和化学诱变。诱变剂也有很多种，例如：X光线、紫外线、氮芥等等。
诱变育种的步骤可以概括为三步：
第一步制作食用菌孢子悬浮液。制作方法：将食用菌无菌孢子放入磷酸缓冲溶液或者生理盐水中，摇匀即可，浓度一般控制在每毫升溶液含有106～109个孢子为宜；
第二步诱变处理，根据食用菌品种及条件选择适宜的诱变方法即可；
第三步挑选优良菌株，该步骤是最关键的一步，也是工作量比较大的一个步骤，需要高度重视。因为诱变处理后，只是扩大了变异的范围和变异量，而并不能说明所有的变异都是需要的，因此，要从大量的变异菌株挑选。将变异后的孢子进行培养，长成菌落后及时挑菌，并接入斜面试管内，每个试管只能接一个菌落，长好后再分别接入2～4瓶原种中，进一步进行栽培试验，最后进行反复仔细的筛选比对，挑选出优良的菌株。
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