一、培养健壮菌棒
菌棒原料和适宜的配比、灭菌及接种后的管理水平决定了菌棒质量的好坏。
（一）原料选择
菌棒要选择保存期短、干燥无霉变、可利用营养成分含量高的原料。
（二）培养料配制
配制时要注意培养料的含水量、含氮量和pH值保持在各品种所需要的适宜范围。含水量过高、过低均会造成菌丝发育缓慢，含氮量过低则会造成产量降低，含氮量过高则会容易产生氨气危害，造成菌丝难以生长。不同菇种适宜pH范围不同，配备培养料时除考虑用石灰调节pH值以外，还需注意装袋到灭菌的时间间隔，要做到当日配料、当日装袋、当日灭菌。
（三）接种后管理
接种后温度、湿度、光照和氧气的管理都是不可忽视的环节，其中温度的管理尤为重要。接种后5～7天是温度管理的关键，要注意及时通风增氧，以防止菌种定植后快速繁殖产生的生物热聚集造成烧菌，同时要注意不同食用菌品种间的差异，如香菇对光照这一环境因子比较敏感，光照的强度影响香菇原基数量的形成，因此要在接种培养后20天后，开始弱光照管理。
二、做好出菇期管理
（一）清洁环境
保持生产环境的清洁是搞好食用菌生产的前提，菌棒转入出菇场所时，要先对场所、栽培架或地面进行消毒，每日农事操作后进行清洁处理。处理好栽培环境能很大程度上预防病害发生或菌棒的污染，从而提高食用菌的商品性。
（二）保持温度
食用菌子实体的形成温度要低于菌丝培养温度，且有适宜的子实体形成温度范围，生产上要尽量利用可调控手段以达到子实体生长发育的最佳温度。平菇、香菇等可通过白天揭摊遮盖物增加光照，晚上加盖保温被或利用增温设备提高棚温，长根菇等应加强人工补温措施，调控菇棚温度，满足正常出菇条件。
（三）增加湿度
大部分菇种出菇阶段对空气相对湿度要求在80%～90%，少数菇种在特定时段湿度需提升至95%。前期经历过发菌生长，失水较多的香菇、平菇菌棒，应及时补水。补水前通风3～4天，用注水针刺入菌棒内，借助水泵的压力，使菌棒在短时间内吸足水分，水源以井水为宜。
喷水的原则是：喷雾状水，菇多时多喷，菇少时少喷，蕾期多喷，采收期少喷；低温时应停止喷水，以免造成菌丝体死亡。
（四）及时通风
出菇阶段，菌棒代谢需氧量剧增，对香菇、平菇、榆黄菇、羊肚菌等菇种而言，在适宜温度条件下及时通风，将很大程度上能避免畸形菇的形成，提高商品性产量。工厂化栽培品种金针菇、真姬菇、杏鲍菇要注意通过调控二氧化碳浓度改善其商品性。进出菇棚要减少干冷寒风灌入。
三、防治病虫害
栽培基质中易带虫或虫卵，应发酵处理后再播种，建议熟料栽培。对购进的菌种在转接前应仔细检查，防止出现带虫接种现象。
拌料时加入杀虫、杀菌剂，生料栽培时随拌料加入即可，发酵料栽培的最佳用药时机为最后一次翻堆前加入，经高温闷堆，杀虫效果理想。生长过程中若发现病株要及时清除并在病株处撒石灰消毒。
四、应对极端天气
（一）加强大风防范
天气较好时，及时检查菇棚，用专用压膜线扣紧压牢棚膜，将通风口、门口密闭，避免大风吹入室内、吹破棚膜降温。
（二）加强大雪防范
增加棚内立柱支撑，以防压塌棚室。若遇上下大雪，及时清扫棚室上的积雪，防止积雪过厚压塌棚室。做好菇棚或耳场的杀菌工作，避免香菇、木耳菌棒因受冻菌丝长势弱，受到病虫害的侵袭，切断虫害的滋生场所。
（三）应对低温冰冻
1. 发菌期管理。棚内处于发菌的菌棒（袋）进一步密集码放并加盖塑料膜以实现保温，密闭棚室，尽量减少缝隙散热；小拱棚等简易设施要注意在培养料面添加覆盖物，以提高保温能力；工厂化栽培，车间要根据不同品种的发育阶段，将温度调整至最适合生长温度，以确保正常生产与供应周期的实现。
2. 出菇期管理。对可采收或即将采收的食用菌进行抢收，在处于幼菇期管理阶段要立即停止喷水，尽量保持子实体干爽，同时要对棚室及时密闭、蓄热保温。工厂化栽培出菇车间注意控制喷水频次和喷水量。
五、注意用电安全
冬季天干物燥，加温电器功率大、用电量高、电线负荷过大，食用菌原材料、大棚材料大多易燃，老化电线特别容易出现短路等情况。因此秋冬季食用菌生产要加大用电及电路安全检查，避免私自乱搭乱接电线。规模化食用菌生产基地要配备必要的消防设施，安全通道畅通，集中开展消防培训，在仓库、车间等重要位置设置严禁吸烟醒目标识。
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