1．发菌前期的管理。鸡腿菇菌丝体生长的适温范围是3——35℃，最适温度为24——28℃。播种后菌种能否顺利成活和吃料生长，将料温控制在20——30℃最为关键，播种后1——7天为发菌前期。1——3天的管理重点是保湿、控温和换气。保湿的万法是覆盖好薄膜，若遇到雨天还要清沟排渍，防止雨水浸入料内。控温的措施主要有：①勤检查，将膜内料温控制在24——28℃，最高不能超过30℃；②料温偏高时，加厚膜棚上的草苫或庄单苫上淋井水降温；③将床中间的薄膜升高1——20cm，揭开薄膜的头通风散热，加速膜内空气流动，波浪式栽培的可直接揭开薄膜两头，便可散热降温；④遇上低温寒潮天气，应将薄膜盖严实，凋稀膜面覆盖物，增加光照，提高料温。播种后4——7天，菌种块上的新生菌丝已萌发齐全，开始定植吃料，向料内生长。此期则以换气为主，每天通风不得少于2小时，促使菌丝快速封面，适当降低料表面湿度，使料顺梢显干燥，减少杂菌污染，亦可加速菌丝向料内生长。膜内料温控制在24——28℃，相对湿度保持在70——75％较为理想。
    2．发菌中期的管理。播种后8——12天为发菌中期，也称为料层发菌期，菌丝吃料并在料内纵横生长。此期应以小通风为主，大通风为辅。此期的料温应控制在28℃以下，相对湿度控制在75%左右。若自然温度超过30℃，晴天中午前后应揭开薄膜的两头通风，搭建的遮阳棚若遮荫度不够，应加厚覆盖物，同时对棚上覆盖物喷水降温，确保料温处于适温范围之内。若自然温度在15℃以下，应益好薄膜少通风，尽量利用阳光提高膜内料温，使菌丝正常生长，此外，发菌中期也是病虫害的易发期。若发现螨类害虫，可用1000倍的杀灭菊酯、1000倍的二氯杀螨醇或1500倍的克螨特液进行防治；若发现菇蚊、菇蝇等虫害，可用浓度为100单位的二嗪农喷施防治。若发生毛壳菌和小菌核病，毛霉、木霉、曲霉等杂菌，可用300倍波尔多液、500倍克霉灵或800倍甲基托布津液直接喷入病区防治。
    3．发菌后期的管理。播种后13——20天为发菌后期，也是养菌阶段。温度控制在24——28℃，相对湿度保持在70%——75％。为了使料层的菌丝健壮生长，适应覆土后的环境条件，可将料层用木棒撬动一次，增加中下层料内的氧气供应，有利加速菌丝生长。后期只要加强通风换气，确保棚内和料内的温度正常，控制料面湿度，就不易发生病虫害。