菌棒蒸料不彻底造成的污染有几种情况：一是料棒堆积过密，造成蒸汽不能到达造成污染；二是远离蒸汽的死角位置达不到规定温度造成局部菌棒污染；三是蒸汽包表面的料棒降温快也容易造成污染；四是底部冷空气不能得到有效的排除，升温时底部升温慢，降温时底部降温快造成底部杀菌不彻底造成污染；五是高寒地区和高原地区温度上不去造成灭菌不彻底。
食用菌生产周期长，要保证所有菌包内的杂菌都被彻底杀灭，否则在漫长的发菌过程中会出现严重污染。灭菌不彻底表现是菌棒的料内外都有污染，打开菌包，掰开菌棒里里外外都有污染发生。染菌的种类也多，黑色、灰色、黄色、绿色、橙色、红色各种各样的杂菌都可能有。由于原料杂菌种类繁杂，灭菌不彻底造成的污染也是五花八门，更明显的情况是烂棒多且严重。
蒸料灭菌不彻底是温度和时间没有达到规定要求造成的污染，这种情况下是百分百报废。还有一种情况是装棒完成后因为各种原因没能及时蒸料，杂菌在里面大量繁殖，造成杂菌数量过高，在相同的条件下不能保证彻底杀菌。
常规方法蒸料灭菌，在高压情况下121度才能彻底杀灭细菌的芽孢，而土法常压蒸料，95度至少要24小时才能保证彻底杀灭。由于大规模生产时菌棒多，菌棒大小不一样，锅炉大小也不一样，实际的灭菌时间要更长，121度要达到3-6小时，常压要达到36小时以上。（香菇天下）
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