以代料栽培模式出产的香菇菌柄较长，加工时常需剪去部分菌柄。剪去部分约占子实体干重的1/4～1/3。生化分析结果表明，香菇菌柄中仅游离氨基酸含量略低于菌盖，其香菇多糖含量与菌盖相当，亚油酸含量略高于菌盖。因为香菇菌柄多为半纤维质到纤维质，干后质地粗硬，不宜直接食用，故目前多将剪下的菌柄抛弃。组成香菇菌柄的纤维素、半纤维素属于食物性纤维。