子实体大概出土7～10天成熟，当羊肚菌的菌盖色泽从深灰色变至浅灰色或者褐黄色，菌盖的表面蜂窝状的凹陷充分得到伸展时可采收。此时菇肉质地结实，分量较重，外形美观。采收时，要一手抓住菇体，另一手用锋利的小刀从接近菌柄基部下刀，将菇切下。成熟的子实体要及时采收，避免影响品质。遭遇细菌、真菌病害的病菇要及早采收，以免猝倒造成病害蔓延。

采收的子实体要及时进行晒干或烘干，避免堆积褐变，影响品相及价格。烘干时，温度应从30～35℃开始，加大通风，及时排走湿空气，避免菇体严重收缩和褐变，保持3-4h，至菇体体形不再收缩后，逐渐升温至45～50℃，最高不超过55℃，保持2～3h，至彻底干燥。烘干的子实体分等级、按质量装入加厚的透明塑料袋中，密封保存。放于阴凉、通风、干燥的地方，避免回潮发生霉变。