如今很多棉籽壳吃水量很低，营养缺乏，如不另外添加营养则很难提高产量，这就是目前很多菇农反映产量大不如以前的原因。培养料中的施肥应以有机肥为主，化肥的使用量可相对少一些。有机肥的营养全面，能为食用菌菌丝的生长提供全方位的营养供应，特别在出菇后期，这一点表现尤为突出，化肥的成分是容易被菌丝吸收利用的物质，可与有机肥配合施用。食用菌经常施用的有机肥有畜禽粪、豆饼、棉饼、玉米面、麸皮、米糠等，根据原料的含氮量高低，可加入10%～30%不等。化肥一般有磷酸二氢钾、硫酸镁、尿素、复合肥、食用菌专用肥等，加入量一般为0.1%～0.5%，不能加入太大，否则会导致菌丝生长不良。

在食用菌出菇后期，培养料的营养已不能为食用菌菌丝的生长提供全方位的营养供应，菇农往往会采取各种手段添加营养液补充营养。
食用菌营养液的添加通常有3种方法：喷施、浸泡和灌穴。喷施营养液的时间以子实体大量出现时为宜。喷施时应注意喷头不要正对着子实体，同时还要注意“四不喷”：

1. 幼小菇蕾不喷，以免其“肿死”。

2. 刚采过菇或有菇残体处不喷，以免引起细菌性病害。

3. 空气湿度过大时不喷。

4. 菇棚内病虫害严重时不喷。浸泡法主要用于袋栽的食用菌。在采收完1～2茬菇后，若栽培袋呈严重缺水状态，可将其放在配好的营养液中浸泡，直到其恢复或接近原重量时为止。灌穴法主要在菌床上使用，当菌床出菇较多、水分及养分消耗过大时可采用此法。具体方法是：将菌床按10厘米的穴距打眼，向菌床上漫灌配制好的营养液，添加完营养液后覆土。

第一是针对不同的品种采取不同的施肥方法，方法施用不当，效果会适得其反；第二是在施肥过程中，各种肥料应交替使用，对于某些营养成分较单纯的无机肥料来讲，这一点尤其重要；第三是肥料施用应适当，切勿一次施用过多，或肥液浓度过大，以免对菌丝的生长造成不利影响。常用的营养液浓度为：尿素0.3%～0.5%、磷酸二氢钾0.2%等，一定要把握好“少而勤”的原则；第四是各种肥液应现配现用，不可久放，以免肥液变质。