1. 菌种不纯
在菌种继代培养过程中，菌种试管或袋内含有其他种类的杂菌，不是只含有所需要菌种的菌丝体，不同菌种混杂交叉感染，不同菌丝体混杂在一起出现不良杂交，导致菌丝生长发生变异，原有品种生产性状的改变。
2. 有害突变或感染病毒
菌株的菌丝细胞中发生有害突变，正常菌株一般不会导致遗传性状的改变，尽管经过多代移植，但突变体能适应外界环境条件。在菌丝细胞群中所占的比例会随着移接次数的增加而增大，造成菌株的生产性能恶化。菌种被感染病毒后，病毒一边通过带毒孢子传染下一代，一边随着菌丝体的扩大繁殖而增加数量，病毒粒子到达一定浓度，菌菇质量下降、明显减产。
3. 培养环境不适合
培养环境不适合菌种生长，食用菌的生长环境包括：温度、湿度、通气、光照、PH值、培养基过于丰富或过于贫瘠等，其中温度对生物代谢的影响最大，也是菌种退化的主要环境因素，菌种会因极度不适的温度环境发生遗传特性的改变。如果以上条件不能满足菌种的生活要求，特别是温度条件不满足，将会造成菌种失去自我调节的能力，丧失应该具有优良种性。
4. 品种退化
一个品种的菌株在使用过程中，不重视人工选择，菌株随着培养和使用时间的延长，由于菌龄增长逐渐发生一些自然突变，这些突变中不利的微型变异多，经常发生，发生表现型影响较大的突变频率低，表现出新陈代谢机能逐渐减低，抗逆能力丧失，失去高产性状。
5. 转代次数过多
实际的食用菌生产中，采用不正确的菌种培养和制作的转代，转代的次数越多，引起食用菌菌种退化的可能性就越大。
6. 孢子结实能力差
粉孢子、节孢子和分生孢子是母种菌丝阶段产生的，在条件合适时，粉孢子等会萌发出不具有结实能力的菌丝，有的菌丝结实能力很差，和正常的菌丝继续转代后互相混合，整体从菌丝的外观基本没有任何的表现。
7. 菌种保藏不当
食用菌生产离不开菌种保藏，菌种保藏期间的保藏方法不当，保藏温度过高、过低，保藏时间过长，都会引起食用菌菌种退化。保藏期间如斜面母种出现子实体，有菌盖形成的情况下，条件合适就会有孢子弹射到斜面上萌发出菌丝，有性繁殖和无性繁殖混在一起，食用菌菌种发生退化。
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