在生产中，菌种的作用相当于农作物的种子，其质量影响食用菌产品的质量和产量，关系到亿万菇农的切身利益。
羊肚菌原种可在当年的9~10月份生产，原种在20~30d满瓶后，立即生产栽培种，栽培种在10~11月底必须满瓶。以保证栽培后发菌1个月，赶上最佳出菇期出菇。
一、培养基配方及处理：
配方1：小麦95%，稻壳3%，石膏1%，碳酸钙1%
配方2： 棉籽壳90%，木屑8%，碳酸钙2%;
小麦：将准备好的小麦，提前用10-20℃左右的冷水浸泡24小时，或直接煮熟，煮熟的麦粒需检查无白心。
稻壳：用清水或1%的石灰水浸泡24h，沥干水备用。
同时可以适当添加木屑、玉米粉、麸皮等营养物质，将培养基预湿处理后，混合均匀，使含水量达65%，适量添加石膏、石灰调节ph值6.5～7.5，即可装瓶。
装瓶要求松紧一致，装至瓶肩为宜，再将表面压平，洗去瓶壁外沾染的培养基，塞上棉塞后再用塑料薄膜封口即可。
二、灭菌：
高压灭菌在1.5磅压力下维持1小时，常压灭菌在100°C保持4一6小时。注意灭菌时间不能过长或压力过高，否则会破坏其中养分。
三、接种与培养：
接种箱烟熏消毒后，洗手洗器具一遍，在无菌环境中可以接种。
灭菌后需冷却至18℃以下方可进行接种。一支母种可接5-10瓶原种，一瓶原种可接50-100袋栽培种。
注意事项
灭菌温度，菌种的制作过程中，原种一定要高压灭菌，原种扩繁范围广、数量多，一旦携带杂菌，波及范围广，损失惨重。尽量高压灭菌，灭菌更彻底，效果更好。
接完种的菌种，及时转移至发菌室进行发菌。发菌室要求洁净，控温控湿，避光，具有可控的通风口，层架式为宜。
原种、栽培种的培养，初始培养温度可按20-22℃进行，当菌种萌发长至2~3 cm直径大小的菌落时，降低1-2℃，严禁避免温度超过25℃引起的烧菌或菌种退化。通常情况下，菌丝到一半面积时，继续降温1-2℃，直至菌种发满。
发菌中期，注意每天清晨进行培养室通风换气，增加室内氧气含量；整个培养过程中，空气湿度保持55%-65%，避免湿度过大，引起杂菌滋生。
在培养期间尽量避免强光刺激，菌龄要求不超过60天为好。
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