食用菌菌渣含有丰富的蛋白质及其他的营养物质，完全可以再次做为栽培食用菌的原料。目前我国工厂化食用菌发展迅速，大量的菌渣尚未有效利用，如果不及时进行妥善处理，不仅造成浪费，同时会造成污染，带来巨大隐患；同时产业的快速发展使食用菌原材料价格成倍上涨，棉籽皮在主产区已经高于粮食的价格，这严重制约着产业发展，利用菌渣做为替代料二次种菇不仅能够有效解决环境污染隐患，同时拓宽原材料来源，降低生产成本，缓解菌林和菌牧矛盾，增加生产效益。二次种菇关键技术主要是配方的筛选，优势在于原料的多级利用，成本的降低，经济、生态效益的大幅调高。
供试菌渣是出过一潮菇的工厂化栽培金针菇的废料。
配方筛选 试验共设四个处理（配方），其中处理四为对照，每个配方分别栽培台湾秀珍菇和秀珍菇57。配方1：金针菇菌渣60Kg，棉籽壳10Kg, 玉米芯30Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方2：金针菇菌渣60Kg，棉籽壳20Kg, 玉米芯20Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方3：金针菇菌渣60Kg，棉籽壳30Kg, 玉米芯10Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方4（CK）：棉籽壳60Kg, 玉米芯40Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg。
栽培用菌袋规格为17cm×33cm×0.05cm 的聚丙烯塑料袋，装料高18cm，干料重0.5kg，然后套上塑料颈圈、塞上棉塞。每个处理装1800袋左右，挑无污染的1500个菌袋用于试验。
菌渣的前处理 采菇后，选取无污染和霉变的菌包刮掉菇脚，机械脱袋并粉碎、晒干。然后将菌渣与其它原料按比例均匀拌和，加入适量水拌匀后将原料建堆，堆宽1.8米，长6.5米，高1.0米，每隔30厘米在料堆上打一通气孔，直径6cm。当堆温达60℃以上时，保持10小时后翻堆，共翻三次。翻料时注意上下内外料位的调换，并补足水分，发酵完后用石灰调pH值到8.0左右，含水量调至65％左右。
装袋、接种、发菌、出菇管理采用常规方法。
较常规栽培成本降低约25%左右，生物学效率达75%左右，综合效益较菇农常规栽培提高15%以上。
菌渣二次种菇注意事项 主要有以下4项。
菌渣要新鲜、无霉变，不能放置过久，应及时粉碎，在阳光下暴晒，减少病原杂菌和害虫。如果不能立即使用，可晒干后集中储存备用；
食用菌菌渣的营养品质与食用菌栽培料的种类和降解利用程度有关，不同种类菌渣的理化性能与物质成分也因此各有特点。再次作为栽培原料，以生产周期短、采收潮次少的食用菌菌渣为宜，例如工厂化金针菇菌渣，由于只采一潮菇，基质降解利用不充分，仍含有大量未被金针菇利用的营养成分。
食用菌菌渣种含有大量的菌类分泌物质，对其他食用菌的作用不同，可能有促进或抑制作用，需通过栽培试验筛选出适宜栽培的食用菌种类和添加配比。
食用菌在生长过程中利用碳的比例相对于氮要高，菌渣中的碳氮比小，可提供丰富的氮源。用菌渣栽培其它食用菌时可不添或少添麦麸等氮源，而要适当补充棉籽壳等碳源。
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