接种穴安排合理与否直接影响到发菌时间与污染率。目前，55厘米长的菌袋通常是5穴或7穴接种，有的菇农是采用单面接种，有的是采用双面交叉接种，各具有优缺点。接种穴的数量越多，发菌时间就越短，但感染杂菌的机会增加，污染率上升。采用单面接种方式，通常是4~5穴，即在离菌筒两端5~6厘米处各安排1穴，中间相隔10厘米左右1穴。若是采用双面接种，可用5穴也可用7穴，即一面3或4穴，另一面2或3穴，两面的接种穴交叉错开。
    接种穴的安排还应根据菌种温型来确定，对于中高温型菌种(早熟种)，接种穴数目应增多，宜采用7穴双面接种，可缩短发菌时间，延长出菇时间;相反，低温型菌种(晚熟种)，可采用5穴单面接种，既省工，又可降低污染率。（来源：山东泽海菌业）