食用菌同其它农作物一样，纯、优菌种尤为重要，因为菌种的质量直接关系到产量的高低和栽培的成败。菌种质量好，加上合理的栽培管理，就容易获得高产稳产；菌种质量差，难于获得高产，甚至绝收。食用菌生产中有句俗语：有收无收在于种，收多收少在于管。为此，优质的食用菌菌种，是广大菇农栽培食用菌获得高效益的先决条件。
食用菌菌种分为一级种（又称母种、原原种），二级种（原种），三级种（又称生产种、栽培种），栽培者应根据自己的实际能力、条件再决定引进哪一级的菌种。不管引进哪一级的菌种，都应从如下几个方面考虑：
品种选择。品种对栽培者是非常重要的，品种的好坏，是栽培者成败的关键。因为品种同当地的气候、栽培原料、市场需求等都具有直接的联系。栽培者必须一一了解清楚，才能决定所引的品种。引种前应该多咨询，请专家指导，做好市场调查，避免走弯路。要了解所引品种的特性，栽培技术，同时注意南北品种的差异，有条件的应实地考察，看好了再引种。
先试验，后大面积栽培。不管引进的品种如何，都应做小面积出菇实验，认为是本地理想的品种，再进行大面积栽培。这样可以观察它的生活习性、适应性、抗逆抗杂性等，减少不必要的损失。
引种时，一定要向菌种厂家、单位了解询问该品种的代数情况，因为代数的多少是影响产量和质量的关键。代数越多菌种质量越差。代数鉴别：从优质的种菌子实体分离到PDA培养基的试管上为第一代母种，以后每转管一次为一代，母种以第二三代最佳。从母种转到原种培养基为第一代原种，原种以一二代最好。原种接到生产种的培养基，即为生产种，就可用于生产。
环境与原料。不同的环境，不同的原料配方也会引起品种的变异，这是栽培者在生产中必须注意的问题。
菌种质量的好坏是关键，但科学管理也不可忽视。正所谓三分种七分管。食用菌生长发育受如下六个因素的影响：⑴营养调节。⑵温度，有菌丝温度，子实体温度，料内温度和空气温度之分。⑶湿度，也有菌丝和子实体的料内水分及空气湿度的分别。⑷PH值（即酸碱度）应根据各个菌株的要求进行调节。另外就是空气和阳光。总之，只要栽培者在引种前多看些资料，多作些咨询，多学些科技知识，多了解科技信息，在生产过程中不断总结经验，相信一定会取得很好的经济效益。
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