一、损坏菇棚修整
倒塌或严重毁坏的菇棚、菇架需重新搭建；损坏程度较轻的菇棚及时修整、加固。菇棚四周开挖排水沟，及时排除棚内积水。棚顶及四周覆盖薄膜和遮荫物，避免日晒雨淋及高温高湿导致烂棒现象。
二、受淹菌棒处理
根据菌棒发菌成熟度和受淹程度，采取相应补救措施。
1. 及时将受淹、受埋菌棒清理出来，用2%石灰水或2%漂白粉水溶液将菌棒表面的淤泥擦拭干净后，移至阴凉、干燥、通风场所堆放。
2. 轻度受淹、菌丝圈已蔓延较大的菌棒，经表面擦拭消毒处理后及时上架继续培养。
3. 刚接种不久、菌丝尚未定植蔓延的菌棒，受淹后影响最大，应及时进行翻灶，重新灭菌、重新接种。
4. 菌丝已经发透的菌棒，经表面擦拭消毒处理后及时上架。
对于吸水过多的发透菌棒，要做好沥水措施：将菌棒的两个顶端塑料袋用小刀割一道3—4cm长的直口，斜放让其自然沥去多余水分；或者选择阴天或晴天的早、晚时分进行刺孔通气，滤去棒内多余水分，促使菌丝恢复生长。
对于严重受损断裂的发透菌棒，可将其斜立于畦床或立柱边，让菌丝尽快恢复生长并使断裂处尽快愈合。
三、生产场所清理
1. 及时排干菌棒堆放场地（菇棚或室内培菌室）的积水。
2. 将受淹、受埋菌棒清理后搬至通风阴凉摆放。
3. 将培菌场所内的淤泥、砂石和杂物清理干净，并铺上一层新的沙质土。
4. 受损严重的菌棒菌料和浸水的原辅材料及时摊开晾晒后重新利用，防止发热霉变。
5. 环境消毒处理：室外菇棚——在地面、畦床、培养架及周围环境撒上一层生石灰吸湿消毒；室内培养室——在地面撒上生石灰或漂白粉，地面和墙壁用2%石灰水喷洒或擦洗消毒。
四、灾后病虫害防控
1. 做好菇棚或室内培菌场所环境的清理及消毒处理工作。
2. 加强通风降温降湿，使菌棒堆放场所保持阴凉、通风、低湿状态，减少在后期高温季节的烧菌烂棒现象发生。
3. 药物防治：菇蚊等虫害可用喷洒低毒低残留的杀虫药剂进行防治；已感染杂菌的菌棒可采用石灰水、扑霉灵等药剂进行浸泡或表面擦洗处理。
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