防治黑木耳制种阶段杂菌污染，最重要的是控制住在栽培前期以木霉菌、青霉菌、链孢霉菌、曲霉菌、根霉菌、毛霉菌、酵母菌及带有芽孢的细菌污染。要采取综合防治，才能取得良好的效果。
    一是选用优良菌种和不霉变的培养料。选择抗杂能力强、无杂菌、生长旺盛、不老化的菌种，培养料中的麦麸最好不超过15%，并加入1%的石灰粉，1%的石膏粉来提高其碱性程度；
    二是正确应用灭菌技术在制种中对培养基的灭菌，既要达到彻底灭菌，又不能因灭菌时间过长而使培养料的营养成分受到影响。在灭菌中使用袋口的棉塞潮湿，可在接种室将棉球用火焰烧烤或撒白灰或用灭过菌的棉塞调换；
    三是认真做好各环节的消毒处理。对接种室、培养室可用70%甲基托布津500液或克霉灵1：800―1000倍液喷雾，气雾消毒可用福尔马林每立方米10ml，加入5g高锰酸钾熏蒸；
    四是培养期间要适时通风排湿，保持空气清新干燥；
    五是对局部真菌污染的菌袋可用克霉灵1：200―1：300液局部注射，隔一天一次，连用三次；局部细菌危害可注射庆大霉素防治。对杂菌污染特别严重的及时深埋或烧毁。