食用菌覆土栽培获得高产已是普遍被认可的事实，覆土技术的推广也已在各地、各类食用菌生产中大胆进行并取得了很好效益，今天主要阐述下食用菌覆土栽培的机理。
食用菌以其白色或浅色的菌丝体在含有丰富有机质的场所生长，条件适宜时形成子实体。土壤是由无机质和有机质碎屑组成的，在土壤中有食用菌生长丰富的基质层。
1. 土壤中富含养分
土壤中含有丰富的腐殖质、氮、磷、钾，还有钙、磷、镁、硼、锰、铜、锌、钼等矿质元素，以及多种维生素等，可为食用菌提供辅助性氮素营养、矿质营养和多种酶类的辅助因子或活化剂（如金属离子Mg2+、Cu2+，维生素B族等），土壤中的氮素、碳素可通过食用菌菌丝体内的生化反应合成自身营养物质。土壤中矿质元素可被菌丝体吸收参与代谢平衡，稀土元素能够激活生物活性，使菌丝体内代谢顺利进行，贮藏更多养分，有利于大量子实体的形成和发生。
2. 土壤中含有许多微生物
在1g有肥力的土壤中微生物总量的保守估计是：真细菌106～109，放线菌105～106，真菌104～105，原生动物104～105，藻类101～103。这些微生物能为食用菌提供必要的营养物质，促进菌丝体生长，刺激子实体生长。
3. 促进子实体形成
在食用菌生长阶段，一些球形菌丝微生物能促进子实体的形成（比如双孢菇、鸡腿菇、大球盖菇等）。
4. 食用菌的有些品种属于土生菌
对于土生菌来讲，土壤就是它们的生长环境，还有一些食用菌如双孢菇、鸡腿菇等虽不是土生菌，但需要必要的覆土。尤其是鸡腿菇栽培，不覆土很难出菇，有人认为是土壤中有鸡腿菇菌丝的气体激素使之适合鸡腿菇子实体原基的发生。也有人认为覆土能提供一个媒介以破坏抑制物，还有人证实覆土中起作用的微生物是细菌而不是放线菌、霉菌或酵母菌，这些细菌的代谢物即可刺激子实体的形成。甚至有人认为这种细菌就是恶臭假单胞菌。这些细菌能够以鸡腿菇产生的气体代谢物作唯一碳源生长，一些球形菌丝微生物能促进子实体的形成。
5. 补充基质养分水分
平菇、香菇等典型木腐菌，就栽培来看，覆土不是必需的，因为不覆土也能形成子实体，也能正常发育生长，但由于多采用袋栽，有限的基质和局部的生长环境往往导致菌丝的过早老化，水分不足，代谢产物（如有机酸）的积累，营养因子和生长因子的匮乏等等，而降低生长活性和产量。而覆土技术可解决这些问题，所以，食用菌具有十分明显良好的覆土效应。
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