第一，应该尽量的去选择使用良好的培育场所，对其加以清理，确保卫生，减少病源，给黑木耳创造适宜的生活环境。

第二，应该大力倡导早接，致使黑木耳菌丝体优先占据培养基，降低杂菌的入侵机会。据实践表面光，只要提早接种栽培的耳袋，出耳率非常高，生长发育又是比较快，杂菌有少；而对于晚接种的耳袋，杂菌通常是非常严重。

第三，应该增强科学管理，调整好好栽培环境的气温及湿度，重视通风光照程序，增强通风管理，确保培育场所空气足够清新。要不断地将耳场的茅屋草割除清理，清扫害虫躲藏的地方，致使害虫以及杂菌不轻易繁殖。若是在耳场周边挖一条小沟，灌注清水，对避免害虫入侵具有特定的效果。时常的晾晒耳袋，可以利用紫外线消灭掉虫卵以及杂菌孢子。轻度产生杂菌的耳袋可以涂刷百分之一到百分之三的生石灰液，也有避免杂菌入侵的功能。与此同时还需要注意不失时机的采收成熟的黑木耳，以避免成熟过度而自隔分解，引发病害蔓延。

第四、若是在栽培场所已经出现了害虫，可以试用安全有效地低毒害少浓度的药剂进行防治，做到“治早、治小、治了”，将害情缩小到最小的范围之内。目前已经被广泛应用于治愈黑木耳害虫的农药有：敌敌畏、生石灰及茶籽饼、敌百虫、滴滴涕、退菌特、马拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉以及三氯杀螨砜等。这些类型的药物的杀虫效果都是非常好。在配制以及施用时，需要根据该种药剂的使用说明进行使用，不能随意增加浓度，不然的话，不但影响到黑木耳生长发育，还将会遗留下残毒。施药最好选择在采耳之后进行，防止黑木耳直接承受药液，降低药害。

综上所述，增强人工管理，不断地改革栽培技术，能够有效的防治害虫、杂菌。只有在必须必要的时候，才可以施用化学药剂。对于施用的药物需要充分考虑不阻碍黑木耳的正常发育，并且在施药之后黑木耳没有残毒。