毛木耳的栽培方法有很多，但现如今主要使用熟料袋栽方式和塑料大棚墙式两种方法，这两种方法既省时省力，还能高产。根据其栽培特性，一般是在2月初制袋发菌，3月底出耳，夏季高温，不利于菌丝生长，所以在8月中制袋发菌，9月底出耳。

毛木耳的栽培原料要求干燥、干净、无霉变、无硬杂物等，霉变、潮湿、有硬杂物的原料会影响其产量。可用玉米芯47%、锯末40%、麸皮10%、过磷酸钙1%、石灰1%、石膏1%调配栽培原料，由于主要原料玉米芯和锯末的吸水性较差，因此要提前预湿，然后将所有的原料按比例配齐后，开始充分搅拌，使其湿润，控制含水量在60%左右。然后就可以装袋了，装袋前先闷一天，再搅拌一次，使其吸水均匀，装料要求紧实适中、上下松紧一致。

毛木耳常用常压蒸汽灭菌，在常压下维持100度温度持续12小时，然后停火，利用余温再焖12小时，即可彻底灭菌，装锅时不宜过满。留有余地使蒸汽密布整个空间，达到最佳灭菌效果。接种时在无菌环境，防治二次感染，操作人员在接种前要严格消毒，接入菌丝后，及时拢袋口并轻轻压实，使菌种与栽培基质充分结合。

为保证出菌良好，大棚内要注意消毒，在地面撒上一层生石灰，抑制其他杂菌的生长和蛇鼠、蚊虫危害。另外，接种后的料袋要码成墙垛，高度在10个料袋左右，垛与垛之间保持距离，方便通风和管理。毛木耳以低温发菌为宜，切忌高温发菌，避免出现烧菌现象，以20-25度为宜，最高不得超过28摄氏度，在菌丝培育期最好为阴暗环境，尽量不见光。