香菇袋料栽培一般分为春栽、夏栽和秋栽三种。其中秋栽一般在初秋开始制棒点菌，秋末至入冬转色出菇，一直到次年春季收获完毕。其优点是从制棒点菌到转色出菇，整个生产过程所需时间较短，且不需要漫长的越夏环节；其缺点是烂棒现象发生较为严重，有时可高达20％以上。
一、发生烂棒的主要原因
1. 品种抗性较弱。不同香菇品种因其抗逆性不同，发生烂棒的情况差异较大。有的品种抗逆性较强，烂棒数量就较少；有的品种抗逆性较弱，发生烂棒的概率就较高，而且发生数量较大。
2. 添加污染废料。制棒时，如果将有污染的废菌棒粉碎后，直接添加到新的培养料中，就人为地增加了培养料中的杂菌数量。这样的培养料装袋后如果灭菌不彻底，就很容易造成更大规模的感染。即使灭菌彻底，也会影响菌棒的质量和后期的香菇产量。
3. 培养料含水量偏高。在拌料时，如果培养料加水过多，或拌料不匀，使上下层料含水量不一致，就会导致部分菌袋中的培养料含水量偏高，菌棒内部缺氧，菌丝生长细弱，抗逆性较差，容易出现烂棒现象。另外，培养料含水量偏高，转色时菌丝吐出的大量黄水如果没有及时排出，还会使菌棒内部缺氧的情况加剧，烂棒现象将更为严重。
4. 错过最佳点菌时机。秋栽香菇最佳点菌时间在不同年份和不同海拔、不同区域虽有一定差别，但大多数集中在8月10日至9月10日，只有短短的30天左右。点菌过早，气温偏高，杂菌生长非常活跃，香菇菌丝长势弱，因此极易被污染导致烂棒；点菌过晚，温度偏低，菌丝生长速度慢，如果年内不能转色出菇，就会严重影响香菇种植效益。
5. 配套设施不够完善。如果栽培设施完善，对环境条件能够进行有效地控制，袋料香菇制棒点菌时间就可以适当延长。但很多栽培企业（户）投入不足，缺乏接种室、养菌室等关键设施；不少人因陋就简，直接在大棚内点菌、发菌、养菌，对自然环境缺乏有效的控制手段，遇到持续高温，如果没有有效的应对措施，就容易造成大量烂棒。如发菌、养菌期间遇暴风雨或持续降雨，栽植场地内积水无法及时排除，导致空气湿度过大，也容易造成杂菌感染和大量烂棒。
6. 发菌场地选择失当。很多栽培企业（户）受条件限制，选择的发菌场地常不如人意。有的场地周围杂草丛生，垃圾等废弃物较多，不易清理干净，容易滋生病虫；有的场地海拔低，日照时间长，秋季温度高，通风条件差，降温比较困难；有的选择在河边低洼处，遇大雨天气或持续降雨，场地环境湿度过大，这些都会使烂棒风险大大提高。另外，近年来有些地区建设了不少光伏发电站，有的光伏板还建设在农田上。为减少农田浪费，一些栽培户就把菇棚搭建在光伏板下，在光伏板下养菌、出菇。但在光伏板下，一是只能设置一道遮阳网，棚内光照往往过强；二是光伏板高度有限，造成下面的菇棚通风困难，棚内热气不易散出；三是光伏板晒热后热量向下传导，会直接给菇棚加热，导致棚内温度升高；四是光伏板反射的光线，容易吸引趋光性昆虫。这都导致在光伏板下养菌污染率较高、烂棒较多。
7. 菌棒排放过于密集。实际制棒数量如超出养菌场地的承载能力，导致菇棚建设过密，或棚内菌棒排放过密，使棚内通风不良，一旦遇到恶劣天气，就极易造成菌棒大量被污染和烂棒。
8. 连续种植香菇虫害加重。一些养菌场地在连续使用几年后，各种病虫数量会明显增加。如果在开始生产前，未对场地及周边环境做认真的清理、消毒、杀虫处理，就会导致病虫基数过大。特别是一些害虫如菌蚊等，个头虽小，但在高温季节繁殖和蔓延速度却极快，如果不注意防治，一些菌棒就会因虫害大发生，导致病害随之侵染传播，造成大量烂棒。
二、防治对策
1. 选用抗逆性强的香菇品种。从目前推广的香菇品种中通过品比试验，筛选出适宜当地气候与环境条件、抗逆性强、丰产性好的袋料香菇品种推广，可有效减少烂棒现象的发生。
2. 杜绝使用污染废料。被杂菌污染的废菌棒，不可添加到新料中大规模制棒。污染严重的废旧菌棒不宜再用于食用菌栽培，可运至有机肥厂，添加粪肥、饼肥等，通过高温堆沤制成有机肥，或者深埋入茶园、果园、菜园土壤中，不可随意堆放在制棒场地内或丢弃在附近。污染较轻的菌棒，可挖掉被污染的部分，在未污染部分中添加新料，用于栽培平菇、鸡腿蘑等抗杂菌能力较强的食用菌。
3. 确保培养料含水量适中。一是拌料时培养料兑水量要精准，且拌匀后要仔细检查。秋栽袋料香菇培养料含水量宜低不宜高，最好控制在55％以内，以用力握培养料成团、指缝有水迹但不下滴，齐胸落地即散为宜。二是每次拌料数量不能太多，要将料反复拌匀，确保装袋时培养料湿度均匀一致，避免部分菌袋含水量偏高或偏低。
4. 严把制棒时间。那些基础设施较差、没有专业发菌室的制棒企业，要严格按照技术要求，选择在最佳制棒季节组织生产，尽量使菌丝在适宜的温度下健壮生长，进而增强其抗性，减少烂棒现象的发生。另外，制棒规模要量力而行、合理确定，不可因贪多求快，盲目提早制棒、点菌时间。
5. 完善配套设施。要高度重视基础设施建设，加大对接种、养菌等重点环节的投入，改善接种、养菌环境，特别要增强对烈日高温、持续干旱、暴雨洪涝等自然灾害的防范能力，尽量做到环境安全可控。只有设施配套完善，才能为菌丝生长创造适宜的环境条件，烂棒现象也会明显下降。
6. 选择适宜的发菌场地。发菌场地必须选择周围环境清洁无污染、水源充足、交通便利、冬暖夏凉、通风良好的地方，光伏板下不宜用作发菌场地。场地选好后，要连同周边环境一起清理干净，以尽量降低病虫基数，同时开好排水沟渠，严防场内积水。另外，秋栽袋料香菇在低山地区制棒养菌，很容易遭受烈日高温危害。若转移至气候凉爽、环境适宜的高山地区制棒养菌，不仅能减少烂棒数量，同时菌丝在适温下生长健壮，菌棒质量也可明显提高。
7. 控制菌棒排放密度。生产规模一定要根据场地可容纳菌棒数量来确定，不能盲目扩大生产规模。建设菇棚时，既要考虑充分利用场地，也要兼顾将来的通风问题，不可建得过于密集。同时，菇棚内的层架也不可设置得过密，排放菌棒时要留足空隙，严防密度过大导致棚内通风不良、温度偏高而造成烂棒。
8. 尽量压低场地病虫基数。对连续使用多年的养菌场地，秋季制棒前一定要做好环境清理、消毒、杀虫等工作，特别是不能将污染的废旧菌棒堆放在场地内，或者倾倒在场地附近。如果有条件，可以将其转移至其他新场地，或者建设两个场地轮换使用。可使用毒饵、黄板、杀虫灯诱杀害虫，或者根据虫害发生情况，每隔7～10天用高效低毒杀虫剂对场地及周边环境喷洒1次。
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