菌丝经过50-60天的培养，理成熟后转入野外菇棚袋覆土。一般排袋覆土一个月后即可长出子实体。这个阶段管理性很强，稍有失控就长不出子实体。朱斗锡（2008）在《羊肚菌人工栽培研究进展》一文中介绍了他们1992年成功之后，直至1998年，这期间成功与失败相伴。也就是说第一年能出菇，第二年使用同样方法和菌种又不出菇，即使在一块地里栽培，有的地方出得很好，有些地方一朵未出。全国数家生产单位，10多年来羊肚菌栽培，均以出菇不稳定而告牌，直至2007年才基本攻破大田栽培的关键技术。
这里综合各地栽培试验，在出菇阶段管理技术，主要掌握以下关键。
（l）进棚排袋
排袋前消毒场地，畦床铺上3厘米厚的腐质土，拍平；然后可用10％石灰水喷洒畦面及四周环境，达列杀虫灭菌。将生理成熟菌袋或菌瓶搬进野外菇棚，摆放于毗床上，每平方米畦床可排17厘米X33厘米的菌袋40个。也可以把菌袋排放于箱筐内或盆中。由于搬动和排袋过程，菌丝表层受到一定挫伤，而且受震动后，袋（瓶）内菌丝有所断裂。因此，袋或瓶排场袋后，不要急于开口覆土，必须让其生养休息1-2天，使菌丝营养积累更加丰富；同时也使其适应大气候环境，为下一步长菇打好基础。
(2）开口覆土
是一项重要技术，菌袋排场后，进行斤口覆土工艺。袋装的，袋口扎绳解开，并拉开袋膜；瓶装的，揭开盖膜。然后在袋内或瓶内表层覆土3～5厘米厚。覆土材料最好是全腐殖质的沙壤土，或林地更新前烧山的火烧土。有的栽培者采取菌袋脱膜后，把菌筒排放于畦床上，然后覆土3-5厘米。无论是带袋覆土或是脱袋覆土之后，均要在覆土表面再盖2厘米竹叶或阔叶树落叶，起到覆土层的保湿和防止水土流失及防止雨淋土面板结。菇棚内温度控制在18℃左右，让菌丝复壮。
（3）造成微生物环境
羊肚菌排袋的同时，按每间隔5袋之间，摆放同规格大小、菌丝生理成熟的平菇菌种2袋，造成羊肚菌生长的微生物环境，这是长白山真菌研究所所长王绍余、丛桂芹的一个创举。
(4）变温催蓄
野外菇棚气温波动较大，控制办法可在畦床上每隔3米，插一条竹木跨畦，作为拱膜内棚；并罩上白色地膜，起到防雨保湿，控湿作用。覆土后人为创造菌丝由营养生长转入生殖生长的温差刺激条件。具体操作方法：白天把畦床罩膜盖好，夜间。时后揭开盖膜2-3小时，夜间温度低，人为制造昼夜温差10℃以上，连续2-3天，促使菌袋发生白色原基，并顺利形成菇蕾。
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